효소의 작용 특성 생명현상-과학 심화 탐구

◈ 효소의 작용과 특성

▣ 생명체 내에서의 화학 반응

(1) 생명체에서 일어나는 대부분의 화학 반응에는 효소의 촉매 반응이 필요하다.

(2) 촉매: 화학 반응에서 소모되거나 변화되지 않으면서 활성화 에너지를 변화시켜 반응 속도를 조절하는 물질이다. 생명체 밖에서 화학 반응을 촉진하는 무기 화합물은 무기 촉매라고 부른다.

(3) 생명체에서 합성되는 효소는 생체 촉매라고 부르며, 생명체에서 화학 반응의 속도를 증가시킨다.

Enzymes: principles and biotechnological applications

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4692135/
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The Central Role of Enzymes as Biological Catalysts

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK9921/

▣ 효소의 작용

(1) 활성화 에너지는 화학 반응이 일어나는 데 필요한 최소한의 에너지로, 반응물이 넘어야 할 에너지 장벽이다.

(2) 반응물이 활성화 에너지 이상의 충분한 에너지를 가지고 있어야만 화학 반응이 일어날 수 있다.

(3) 효소는 활성화 에너지를 낮춤으로써 더 많은 반응물이 화학 반응에 참여할 수 있도록 하여 화학 반응의 속도를 증가시킨다.

(4) 반응열: 화학 반응이 일어날 때 방출되거나 흡수되는 열로 반응물과 생성물의 에너지 차이를 의미한다. 반응열은 효소의 영향을 받지 않기 때문에 효소의 유무에 상관없이 반응열의 크기는 일정하다.

(5) 효소와 결합하는 반응물을 기질이라고 하며, 효소는 기질과 결합하여 효소·기질 복합체를 형성함으로써 활성화 에너지를 낮추어 화학 반응을 촉진한다.

(6) 기질이 효소의 활성 부위에 결합하여 복합체를 이루고 있는 동안 효소의 촉매 작용으로 기질은 생성물로 전환되며, 화학 반응이 끝나면 효소와 생성물이 분리된다. 분리된 효소를 다시 새로운 기질과 결합하여 촉매 작용을 반복한다.

(7) 효소는 화학 반응 동안 소모되거나 변화하지 않으면서 기질과 결합하여 촉매 작용을 반복하기 때문에 생명체에서 효소가 촉매하는 화학 반응은 매우 빠르게 일어난다.

▣ 효소의 특성

(1) 효소는 기질 특이성을 가지고 있어 활성 부위에 잘 들어맞는 입체 구조를 가진 특정 기질하고만 결합하여 반응을 촉매한다.

예) 설탕과 젖당은 모두 이당류의 물질이지만, 소화 효소인 락테이스는 설탕과는 반응하지 않고, 자신의 활성 부위에 잘 들어맞는 입체 구조를 가진 젖당과만 결합하여 젖당을 포도당과 갈락토스로 분해한다.

(2) 기질 특이성을 가지므로 생명체가 가지는 효소의 종류는 기질의 종류만큼 다양하다.

▣ 효소의 구조

(1) 효소 대부분은 단백질이 주성분이며, 그 종류에 따라 단백질로만 구성되어 기능을 수행하는 것도 있지만 비단백질 성분인 보조 인자가 단백질에 결합하여 기능을 수행하는 것도 있다.

(2) 보조 인자가 결합하여 기능을 수행하는 효소의 단백질 부분을 주효소라고 하며, 주효소에 보조 인자가 결합하여 완전한 활성을 가지는 효소를 전효소라고 한다.

(3) 보조 인자의 종류와 기능

– 보조 인자의 종류와 특징: 보조 인자 중에는 주효소에 일시적으로 결합하였다가 반응이 끝나면 분리되어 다른 반응에 참여하는 것도 있지만, 주효소에 강하게 결합하여 분리되지 않는 것도 있다.

◈ 효소의 작용에 영향을 미치는 요인

▣ 온도

(1) 효소가 촉매하는 화학 반응 속도는 효소와 기질이 결합하여 형성되는 효소·기질 복합체의 농도에 비례한다.

(2) 효소가 촉매하는 대부분의 화학 반응에서 온도가 높아질수록 기질은 더 활발하게 움직여 효소의 활성 부위에 빈번하게 충돌한다. 그 결과 효소·기질 복합체가 더 많이 형성되므로 반응 속도가 증가한다.

(3) 반응 속도가 최대가 될 때 온도를 최적 온도라고 한다.

(4) 최적 온도보다 온도가 높아지면 효소의 주성분인 단백질이 열에 의해 입체 구조가 달라지는 변성이 일어나며, 그 결과, 효소·기질 복합체의 생성이 줄어들어 반응 속도는 급격히 감소한다.

▣ pH

(1) 효소가 촉매하는 화학 반응 속도는 pH의 영향을 받으며, 반응 속도가 최대가 될 때의 pH를 최적 pH라고 한다.

(2) 최적 pH를 벗어난 환경에서는 효소의 주성분인 단백질의 입체 구조가 달라지는 변성이 일어나며, 그 결과 효소·기질 복합체의 생성이 줄어들어 반응 속도는 감소한다.

▣ 기질의 농도

(1) 효소의 농도가 일정할 때 기질의 농도가 증가함에 따라 효소·기질 복합체가 더 많이 생성되므로 반응 속도는 증가한다.

(2) 기질의 농도가 증가함에 따라 반응 속도의 증가는 둔화하며, 기질의 농도가 일정 수준을 넘어서면 모든 효소가 기질과 결합하므로 반응 속도는 일정해진다.

▣ 저해제

(1) 효소와 결합하여 효소가 촉매하는 화학 반응의 속도를 감소시키는 물질을 저해제라고 한다.

(2) 저해제의 종류

– 경쟁적 저해제

기질과 유사한 입체 구조로 되어 있어 효소의 활성 부위를 두고 기질과 경쟁적으로 결합한다.

기질 대신 경쟁적 저해제가 효소의 활성 부위에 결합하면 효소·기질 복합체가 형성되지 못하므로 효소의 작용이 저해된다.

기질의 농도가 증가하면 경쟁적 저해제의 저해 효과는 감소한다.

예) 말론산: 석신산 탈수소 효소의 활성 부위에 석신산 대신에 결합하여 효소의 작용을 경쟁적으로 저해한다.

– 비경쟁적 저해제

효소의 활성 부위가 아닌 다른 부위에 결합하여 효소의 구조를 변형시킴으로써 효소의 작용을 저해한다.

기질이 효소의 활성 부위에 결합한다고 해도 감소한 효소의 활성 때문에 반응 속도는 저해제가 작용하지 않았을 때보다 느리다.

활성 부위를 두고 기질과 경쟁하지 않으므로 기질의 농도가 증가해도 비경쟁적 저해제의 저해 효과는 감소하지 않는다.

예) 히루딘: 거머리에서 분비되는 히루딘은 혈액 응고 과정에 관련된 효소의 작용을 비경쟁적으로 저해한다.

(3) 저해제는 해충을 없애거나, 질병을 치료하는 의약품과 항암제 개발 등 다양한 분야에서 유용하게 쓰이고 있다.

(4) 생명체에서 일부 물질대사 과정에서 생성된 최종 산물이 이 물질대사 과정의 초기 단계를 촉매하는 효소에 비경쟁적 저해제처럼 작용하여 물질대사 과정을 조절한다.

Enzyme Inhibitor Discovery by Activity-Based Protein Profiling

https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev-biochem-060713-035708
https://www.annualreviews.org/na101/home/literatum/publisher/ar/journals/content/biochem/2014/biochem.2014.83.issue-1/annurev-biochem-060713-035708/20140530/images/medium/bi830341.f1.gif

Mechanistic enzymology in drug discovery: a fresh perspective

https://www.nature.com/articles/nrd.2017.219
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A Structure-Based Drug Discovery Paradigm

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6601033/
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Computational approaches streamlining drug discovery

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Small molecules in targeted cancer therapy: advances, challenges, and future perspectives

https://www.nature.com/articles/s41392-021-00572-w
https://media.springernature.com/full/springer-static/image/art%3A10.1038%2Fs41392-021-00572-w/MediaObjects/41392_2021_572_Fig1_HTML.png?as=webp

추천도서

효소로 이루어진 세상, 신현재 저자(글), 이채 · 2018년 05월 15일

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생명과학, 공학을 만나다, 유영제 저자(글), 나녹 · 2019년 12월 20일

생명공학의 윤리 3, 리처드 셔록 , 존 모레이 저자(글) · 김동광 번역, 나남 · 2016년 11월 15일

세포막과 효소

단백질 효소 경쟁적 비경쟁적 억제자

생명 공학 기술과 인간 생활

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세포막의 구조와 선택적 투과성 세포막을 통한 물질의 이동-과학 심화 탐구

세포막의 구조

세포막의 특성:

생명 활동이 일어나고 세포질 바깥쪽을 둘러싸고 있는 막이다.

세포와 세포 외부 환경 사이의 물질 출입을 선택적으로 조절한다.

세포 밖의 환경에서 오는 신호를 세포 안으로 전달한다.

세포의 형태를 유지하고, 세포를 보호한다.

주성분은 인지질과 단백질이다.

Structure of the Plasma Membrane

The Cell: A Molecular Approach. 2nd edition.

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(1) 인지질 2중층

인지질

중성 지방을 이루는 글리세롤과 3분자의 지방산 가운데 지방산 1분자 대신 인산기가 결합하여 만들어진 물질이다.

인산기가 있는 머리 부분은 친수성을, 지방산이 있는 꼬리 부분은 소수성을 나타낸다.

친수성을 띠는 머리 부분은 친수성을, 지방산이 있는 꼬리 부분은 소수성을 나타낸다.

친수성을 띠는 머리 부분이 세포막의 양쪽 밖으로 배열되어 물과 접하고, 소수성을 띠는 꼬리 부분이 마주 보며 안쪽으로 배열되어 2중층을 형성한다.

세포막은 두께 약 5~10 nm의 얇은 막으로 전자 현미경 관찰 시 두 줄의 검은 띠(인지질 2중층)로 관찰된다.

세포 안에 들어 있는 막 구조의 모든 세포 소기관은 인지질 2중층으로 되어 있고, 이를 생체막(단위막)이라 한다.

친수성이거나 이온, 크기가 큰 분자는 인지질 2중층을 통해 세포 안팎으로 이동할 수 없다.

예) 인지질 2중층을 통과할 수 있는 물질: CO2, O2 등 크기가 작고 극성이 없는 물질과 지용성 물질

(2) 막단백질

막단백질은 인지질 2중층에 모자이크처럼 배열되어 있다.

인지질의 유동성 때문에 고정되어 있지 않고, 그 위치가 쉽게 변한다.

대부분 친수성과 소수성 부분을 함께 가지고 있어 인지질 2중층에 파묻혀 있거나 관통하거나 표면에 붙어 있다.

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막단백질의 위치에 따른 분류

외재성 단백질: 인지질 2중층의 표면에 붙어 있는 것이다.

내재성 단백질: 인지질 2중층에 파묻혀 있는 것으로, 인지질 2중층을 관통하는 것과 관통하지 않는 것이 있다.

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막단백질의 특징 및 기능

구성 아미노산의 성질에 따라 소수성을 띠거나 친수성을 나타낸다.

탄수화물과 결합하는 경우 당단백질을 구성하여 세포 간 인식에 관여한다.

세포의 생명 활동에 필요한 물질을 외부로부터 흡수, 세포 내에서 생긴 불필요한 물질 배출 등 물질 수송에 관여한다.

호르몬 등 특정 화학 물질과 결합하는 호르몬의 수용체로 신호 전달 역할을 한다.

물질대사에 관여하는 효소 역할을 한다.

Cell Membranes

https://www.nature.com/scitable/topicpage/cell-membranes-14052567/
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세포막의 특성

(1) 유동 모자이크막 구조

막단백질이 인지질을 따라 움직이면서 나타나는 구조이다.

동물 세포의 세포막은 인지질 외에 콜레스테롤을 포함한다.

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​CELL MEMBRANE (PLASMA MEMBRANE)

https://www.genome.gov/genetics-glossary/Cell-Membrane
https://www.genome.gov/sites/default/files/tg/en/illustration/plasma_membrane.jpg

Dynamic Organizing Principles of the Plasma Membrane that Regulate Signal Transduction: Commemorating the Fortieth Anniversary of Singer and Nicolson’s Fluid-Mosaic Model

https://www.annualreviews.org/doi/abs/10.1146/annurev-cellbio-100809-151736

원형질막의 역학 및 구조에 대한 지식의 최근 급속한 축적은 교과서 유체-모자이크 모델의 주요 수정을 촉발시켰습니다. 그러나 새로운 데이터가 다양한 생물학적 패러다임을 사용하는 다양한 연구 맥락에서 얻어졌기 때문에 중요한 개념 수정이 생물의학 연구 및 개발에 미치는 영향은 제한적이었습니다. 이 검토에서 우리는 기능을 실현하는 모든 분자 메커니즘의 기초가 되는 이 구조의 새로운 기본 구성 원리를 제공하기 위해 원형질막에 대한 현재의 생물학적, 화학적 및 물리적 지식을 종합하려고 합니다. 신호 변환 기능과 구성 원리의 동적 측면에 특별한 주의를 기울입니다.

키워드

단일 분자 이미징 , 중규모 영역 구조 , 분자 확산 및 충돌 , 액틴 기반 막 골격 , 울타리 모델

(2) 막의 유동성에 영향을 주는 요인

불포화 탄화수소 꼬리와 포화 탄화수소 꼬리

불포화 탄화수소 꼬리들은 꺾인 모양으로 틈이 채워지지 않게 하여 막의 유동성을 증가시킨다.

포화 탄화수소 꼬리들은 서로 밀착되어 막의 유동성이 감소한다.

동물 세포막 내의 콜레스테롤

온화한 온도에서 콜레스테롤은 인지질의 이동을 감소시켜 막의 유동성을 감소시킨다.

낮은 온도에서는 인지질이 정상적으로 채워지는 것을 방해하여 고체화를 억제한다.

(3) 선택적 투과성: 막의 특성에 의해 세포막을 통한 물질의 이동이 선택적으로 일어나며, 선택적 투과성 정도는 인지질 2중층의 장벽과 막에 있는 특정 수송 단백질들에 의해 결정된다.

탄화수소, CO2, O2 등과 같은 비극성 분자들은 소수성으로, 막의 인지질 2중층에 용해될 수 있어서 막단백질의 도움 없이도 쉽게 막을 통과한다.

막의 소수성 중심부는 친수성인 이온과 극성 분자들이 막을 직접 통과하지 못하게 막는다.

포도당 및 기타 당처럼 극성인 분자들은 인지질 2중층을 매우 천천히 통과할 수 있으며, 극히 작은 극성 분자인 물도 아주 빠르게 통과할 수는 없다.

전하는 띤 원자나 분자 또는 이를 둘러싼 수화 껍질은 막의 소수성 내부를 통과하기 어렵다.

(4) 수송 단백질: 친수성 물질들은 막을 관통하는 수송 단백질을 통해 통과한다.

통로 단백질: 친수성 통로로서 역할을 한다.

예) 물 분자의 통로 단백질: 아쿠아포린

운반체 단백질: 물질 운반 시 구조가 변한다.

예) Na+-K+ 펌프(에너지원으로 ATP 사용)

Membrane fluidity and its roles in the perception of environmental signals

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005273604002032#aep-abstract-id8

Getting Across the Cell Membrane: An Overview for Small Molecules, Peptides, and Proteins

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4891184/

세포질 단백질에 효율적으로 접근하는 능력은 생물학적 연구와 의학 모두에서 요구됩니다. 그러나 세포내 단백질을 표적으로 삼는 것은 종종 어려운데, 왜냐하면 세포질에 도달하기 위해서는 외인성 분자가 먼저 세포막을 통과해야 하기 때문입니다. 이 검토는 특정 분자가 이 장벽을 통과하는 것으로 생각되는 방법과 불투과성 분자의 세포 내 전달을 향상하기 위해 어떤 종류의 접근 방식이 만들어지고 있는지에 대한 광범위한 개요를 제공합니다. 먼저 지질막을 가로지르는 작은 분자의 수동적 투과성을 제어하는 규칙과 특정 대사산물, 펩타이드 및 단백질에 대해 자연에서 진화한 막 수송 메커니즘에 대해 논의합니다. 이어 저분자 및 투과성이 향상된 펩타이드 개발에 등장한 설계 전략을 소개한다. 마지막으로, 단백질 페이로드용으로 설계된 세포내 전달 시스템을 조사합니다. 다양한 분야의 관점을 모아 세포막 장벽이 어떻게 극복되고 있는지에 대한 일관된 개요를 제공했습니다.

Keywords: 세포막, 투과성, 전위, 세포내 전달, 세포질 전달, 형광 탐침, 수동확산, 막수송체, 엔도좀 탈출

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▣ 확산

기체나 용액 속에서 물질 분자들이 농도가 균일해질 때까지 농도가 높은 곳에서 낮은 쪽으로 이동하는 현상으로 별도의 에너지 소비가 없다.

(1) 단순 확산

분자들이 인지질 2중층을 통해 바로 세포막을 통과하는 현상이다.

농도가 다른 두 물질 사이에 확산이 일어날 때 농도 차가 클수록 확산 속도가 증가한다.

(2) 촉진 확산

이온이나 수용성 분자들이 수송 단백질을 통해 세포막을 통과하여 확산하는 현상이다.

수송 단백질의 수가 한정되어 있으므로 세포 내외의 농도 차가 계속 증가하더라도 최대 속도 도달 후에 더 이상 속도가 증가하지 못한다.

▣ 삼투

(1) 삼투: 반투과성 막을 사이에 두고 용질이 이동하지 못할 때, 물 농도가 높은 쪽에서 낮은 쪽으로 물이 이동하는 현상으로 별도의 에너지가 소모되지 않는다.

(2) 삼투압: 삼투로 인하여 반투과성 막이 받는 압력이다.

(3) 세포와 용매의 이동

세포를 농도가 다른 용액에 넣으면 삼투압 차이에 의해 용매의 이동이 일어난다.

용액의 분류

저장액: 어떤 용액과 비교하여 삼투압이 낮은 용액이다.

등장액: 어떤 용액과 비교하여 삼투압이 같은 용액이다.

고장액: 어떤 용액과 비교하여 삼투압이 높은 용액이다.

(4) 동물 세포의 삼투

적혈구를 등장액에 넣은 경우

부피나 모양에 변화가 없다.

동물 세포와 등장액: 링거액, 생리 식염수

적혈구를 저장액에 넣은 경우

삼투 현상에 의해 물이 적혈구 안으로 들어와서 부피가 커진다.

적혈구가 팽창하다가 적혈구 막이 터지는 용혈 현상이 나타난다.

적혈구를 고장액에 넣은 경우: 삼투 현상에 의해 적혈구 내부의 물이 빠져나가 부피가 작아진다.

(5) 식물 세포의 삼투

식물 세포를 등장액에 넣은 경우: 부피나 모양에 변화가 없으며 이러한 상태를 한계 원형질 분리라고 한다.

식물 세포를 저장액에 넣은 경우

삼투 현상에 의해 물이 세포 안으로 들어와서 부피가 커진다.

식물 세포의 단단한 세포벽에 의해 세포가 팽창해도 터지지 않는 팽윤 상태가 된다.

식물 세포를 고장액에 넣은 경우

삼투 현상에 의해 식물 세포 내부의 물이 빠져나가 부피가 작아진다.

세포막이 세포벽으로부터 분리되는 원형질 분리가 일어난다.

(6) 삼투압, 팽압, 흡수력

팽압: 팽윤 상태에서 세포벽에 가해지는 압력이다.

흡수력: 삼투압과 팽압의 차이다. (흡수력 = 삼투압 – 팽압)

세포가 물을 흡수하면서 팽압은 점점 커지고 삼투압은 점점 작아진다.

팽압과 삼투압이 같아지면 물은 더 이상 흡수되지 않는다.

On the osmotic pressure of cells

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC10392628/

Osmosis and Osmotic Pressure

https://www.sciencedirect.com/topics/immunology-and-microbiology/osmotic-pressure

Balance of osmotic pressures determines the nuclear-to-cytoplasmic volume ratio of the cell

https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.2118301119

100년 이상 동안, 별도의 부피가 아닌 핵 및 세포질 부피(NC 비율)의 비율이 많은 유형의 유기체의 세포 간에 일정하다는 것이 알려져 왔습니다. NC 비율의 변화는 암성 변형과 관련이 있으며 비율이 생리학적 중요성을 가지고 있음을 시사합니다. 특히, NC 비율의 지배적인 규제 메커니즘은 확인되지 않았습니다. 여기에서 우리는 핵 부피 결정에 연루된 힘의 물리적 추정치를 사용하고 능동적으로 운반되는 단백질의 삼투압에 의해 지배된다는 것을 보여줍니다. 이에 영감을 받아 발표된 실험과 일치하여 NC 비율과 이를 조절하는 요인을 예측하는 세포질 및 핵 부피에 대한 최소 모델을 공식화합니다.

▣ 능동 수송

(1) 능동 수송: 세포막이 농도 경사를 거슬러서 낮은 농도에서 높은 농도 쪽으로 물질을 이동시키는 현상이다.

에너지가 필요하며, 세포 호흡을 통해 얻은 ATP가 공급된다.

Na+-K+ 펌프의 주요 작용

모든 세포에서 세포막을 경계로 Na+과 K+ 의 농도 경사를 만든다. 이것은 신경과 근육 세포의 기능에 필수적인 전기적 신호 발생에 중요한 역할을 한다.

세포 내의 용질의 농도를 조절함으로써 세포의 부피를 조절한다.

Na+-K+ 펌프는 서로 다른 물질을 양방향으로 운반하고, 소장 융털 상피 세포의 포도당, 아미노산 등을 운반하는 펌프는 한 방향으로만 작용한다.

능동 수송의 다른 예: 소화관의 일부 양분 흡수, 세뇨관의 재흡수(포도당의 재흡수), 뿌리털의 무기 양분 흡수, 해조류의 아이오딘(I) 흡수

세포막에 존재하는 운반체 단백질에 의해 일어나며, 특정 물질의 농도가 세포 안과 밖에서 서로 다르게 유지되는 데 이용된다.

Principles of Membrane Transport

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세포내 섭취와 세포외 배출

(1) 세포내 섭취: 세포 밖의 물질을 세포막으로 감싸서 세포 안으로 끌어들이는 작용이다.

식세포 작용: 고형 물질을 세포막으로 싸서 식포를 형성하여 세포 안으로 끌어들이는 작용이다. 예) 백혈구의 식균작용, 아메바가 먹이는 잡는 작용

음세포 작용: 액체나 유동성 물질을 세포막으로 둘러싸서 세포질 속으로 받아들이는 작용이다.

세포내 섭취가 일어날 때는 에너지가 사용된다.

(2) 세포외 배출

세포 내의 물질을 세포막으로 감사서 세포 밖으로 내보내는 작용이다.

세포가 합성한 물질이나 소화되지 않은 입자, 사용하고 남은 찌꺼기 등을 세포 밖으로 내보낸다. 예) 세포내에서 생성된 호르몬, 소화 효소와 노폐물의 분비

세포막을 직접 통과하지 못하는 큰 분자들을 세포 밖으로 분비하는 수단이다.

예) 이자 세포에서 인슐린과 글루카곤의 분비, 뉴런의 축삭 돌기 말단에서 신경 전달 물질 분비

세포외 배출이 일어날 때 에너지가 사용된다.

Key principles and methods for studying the endocytosis of biological and nanoparticle therapeutics

https://www.nature.com/articles/s41565-021-00858-8

Endocytosis는 많은 치료용 나노의약품이 세포 내 표적에 도달하는 과정에서 중요한 단계입니다. 세포 흡수 메커니즘에 대한 우리의 이해는 지난 5년 동안 상당히 발전했습니다. 그러나 세포 생물학의 이러한 발전은 나노과학과 치료학 문헌으로 완전히 번역되지 않았습니다. 다른 세포내이입 경로의 역할과 이러한 경로를 연구하는 방법을 둘러싼 오해는 개선된 나노입자 치료법 개발의 진행을 방해하고 있습니다. 여기에서는 세포 흡수 메커니즘 및 경로에 대한 최신 통찰력을 요약합니다. 우리는 엔도사이토시스, 특히 비특이적 억제제의 문제를 연구하기 위해 현재 시스템의 한계를 강조합니다. 우리는 또한 이러한 경로를 강력하게 조사하기 위한 대안적인 유전적 접근법을 요약하고 세포가 생체 내에서 입자를 엔도사이토시스하는 방법을 이해해야 할 필요성에 대해 논의합니다. 우리는 나노입자 흡수를 연구하는 데 사용되는 현재 방법에 대한 이 중요한 평가가 세포 생물학과 나노의학의 인터페이스에서 향후 연구를 안내할 수 있기를 바랍니다.

https://media.springernature.com/full/springer-static/image/art%3A10.1038%2Fs41565-021-00858-8/MediaObjects/41565_2021_858_Fig1_HTML.png?as=webp

Mechanisms of Endocytosis

https://www.annualreviews.org/doi/full/10.1146/annurev.biochem.78.081307.110540

Endocytic 메커니즘은 원형질막의 지질과 단백질 구성을 제어하여 세포가 환경과 상호 작용하는 방식을 조절합니다. 여기에서 우리는 이러한 사건을 제어하는 ​​세포 단백질에 초점을 두고 포유류의 세포내이입 메커니즘에 대해 알려진 것을 검토합니다. 우리는 잘 연구된 clathrin 매개 endocytic 메커니즘을 논의하고 clathrin과 독립적으로 진행하는 endocytic 경로를 해부합니다. 이러한 클라트린-독립적 경로에는 CLIC/GEEC 세포내이입 경로, arf6-의존적 세포내이입, 플로틸린-의존적 세포내이입, 마크로피노사이토시스, 원형 도랄 주름, 식세포작용 및 트랜스-내포작용이 포함됩니다. 우리는 또한 endocytosis에서 caveolae와 caveolin1의 역할을 비판적으로 검토합니다. 우리는 endocytic 경로에서 지질, 막 곡률 조절 단백질, 작은 G 단백질, 액틴 및 다이나민의 역할을 강조합니다.

키워드

카베올라 , 클라트린 매개 엔도사이토시스 , 클라트린 비의존성 엔도사이토시스 , 다이나민 , 작은 G 단백질

Exocytosis and Endocytosis: Modes, Functions, and Coupling Mechanisms

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4880020/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4880020/bin/nihms-787970-f0001.jpg

Endocytosis and exocytosis of nanoparticles in mammalian cells

https://www.dovepress.com/endocytosis-and-exocytosis-of-nanoparticles-in-mammalian-cells-peer-reviewed-fulltext-article-IJN

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DNA 구조와 기능-과학 심화 탐구

DNA의 구조와 특징

DNA의 구성

(1) 뉴클레오타이드: 1분자의 인산 + 5탄당 + 염기로 구성된 DNA의 기본 구성단위이다.

– 인산: 음(-)전하를 띠고 있으며, 핵산이 산성을 띠게 하는 물질이다.

– 당: 5탄당으로 DNA는 디옥시리보스, RNA는 리보스를 갖는다. 1번 탄소와 5번 탄소 각각에는 염기와 인산이 연결되어 있다.

– 염기: 질소(N)를 포함한 물질로, 수용액에서 약염기의 성질을 나타낸다.

DEOXYRIBONUCLEIC ACID (DNA)

https://www.genome.gov/genetics-glossary/Deoxyribonucleic-Acid
https://www.genome.gov/sites/default/files/media/images/tg/DNA.jpg

(2) 염기의 종류

– 퓨린 염기

– 피리미딘 염기

(3) DNA와 RNA의 비교

– 구성 당의 종류: DNA는 디옥시리보스, RNA는 리보스이다.

– 구성 염기의 종류: DNA와 RNA는 모두 A, G, C을 공통으로 가진다. T은 DNA에만, U은 RNA에만 존재한다.

The Structure and Function of DNA

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK26821/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK26821/bin/ch4f3.jpg
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK26821/bin/ch4f6.jpg
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DNA의 이중 나선 구조

(1) X선 회절 연구

– DNA가 이중 나선 구조로 되어 있다는 결정적인 증거는 윌킨스와 프랭클린의 DNA 결정체에 관한 X선 회절 연구로부터 얻었다.

– X선 회절 실험은 DNA의 입체 구조를 확인하는 방법으로 DNA를 농축하여 점성 용액으로 만든 다음 바늘로 한 가닥의 섬유(DNA 분자)를 뽑아낸 후, 적당한 습도 상태의 대기 중에 놓아두면 결정처럼 X선을 회절시킬 수 있다.

Discovery of DNA Structure and Function: Watson and Crick

https://www.nature.com/scitable/topicpage/discovery-of-dna-structure-and-function-watson-397/
https://www.nature.com/scitable/content/ne0000/ne0000/ne0000/ne0000/104573606/70_1_2.jpg

(2) 샤가프의 법칙

– DNA에서 A, T, C, G의 양은 생물학적 종에 따라 다르다.

– DNA를 구성하는 염기 A와 T의 양이 서로 같고(A=T), G의 양과 C의 양이 서로 같다(G=C).

– DNA에서 퓨린 염기 총량(A + G)과 피리미딘 염기 총량(C + T)은 같다.

Chargaff’s Rules: the Work of Erwin Chargaff

https://www.jbc.org/article/S0021-9258(20)61522-8/fulltext
https://www.jbc.org/cms/attachment/0b32284a-dbd1-48ea-8904-c71e755613b6/gr1.jpg

DNA: Alternative Conformations and Biology

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK6545/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK6545/bin/ch260f1.jpg

Z-DNA: the long road to biological function

https://www.nature.com/articles/nrg1115

Z-DNA and Z-RNA in human disease

https://www.nature.com/articles/s42003-018-0237-x
https://media.springernature.com/full/springer-static/image/art%3A10.1038%2Fs42003-018-0237-x/MediaObjects/42003_2018_237_Fig1_HTML.png?as=webp

엑스선 회절

Rosalind Franklin’s X-ray photo of DNA as an undergraduate optical diffraction experiment

https://pubs.aip.org/aapt/ajp/article/86/2/95/1057814/Rosalind-Franklin-s-X-ray-photo-of-DNA-as-an
https://aipp.silverchair-cdn.com/aipp/content_public/journal/ajp/86/2/10.1119_1.5020051/4/m_95_1_f1.jpeg?Expires=1693440117&Signature=jAZc54pceEqj3zT5lwjZmaDng7wrjeUJKKQTMHJIdPJtmCO5JCpa-7Q0VyPX-Es0c-DylPgh~V5raOodeDF61XoO1lPGoXlTU2DtufI6hNstSqbAS1zejRNs1HhRwJrb9ecTe2f1jBSSmAa1nEacS3BvJ-qeDhBr8qGz4lFl~Ist41ed6uHErrfdlnCOApRPy4V93nhEy1xWnFqV3AjV2HPSVbSzYICmh8YfHL84SBZOoKmm845dyA9TN4bVMcsM2p-T4w70CJ4ghV6au9uu9a-PnQZ4OkUxYd4fKgvap1uDGMSEePHalTvniffkQgpiZ7ZkZPoxHQf4CId7bBSIDw__&Key-Pair-Id=APKAIE5G5CRDK6RD3PGA
https://aipp.silverchair-cdn.com/aipp/content_public/journal/ajp/86/2/10.1119_1.5020051/4/m_95_1_f4.jpeg?Expires=1693440117&Signature=HpgCEOp-rrB7vve3HxGJQFInv5oplKSS8et~nZhaXaytiRbru1sgAoYSJnVMdx5HHAni~D2h2Lo~L5YpT0uPK6Dxsej5eO0JRJ23NSdWVJpSsXK7UAoPLWyzDl8Av82SklpNbF3X0nlKdXGYVLeryFl5-z5XGt4ejJUh3CRAULS3vm54LZ6miF2U1aiFW5187EHJJj~7cwE3keM2J0~BjHHiceM3pge2nYKbgIrgaVKW6uMix0ukXJrwt1EVdjptrirKuKoAueLKPuoZtBq9sAYFtEBM2L1sV~o0GMMdAq2O27rX8YLpfZ6t-lyhai14Q2MBkD~gsY2-gfqzJHUHOg__&Key-Pair-Id=APKAIE5G5CRDK6RD3PGA

DNA 추출하기(실험), 식물 세포

생물학자는 유전자 발현과 기능을 연구하기 위하여 DNA 기술을 이용한다

DNA 미세배열은 RNA 발현 패턴과 그 외 다른 정보를 제공한다

유전 물질

유전자 발현의 조절

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단백질의 구조와 기능-과학 심화 탐구

단백질의 구조와 기능

단백질은 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드가 꼬이거나 접혀서 생성된 독특한 3차원 구조(입체 구조)를 가진다. 단백질 구조는 보통 자발적으로 생성된다. 단백질이 세포에서 합성되면서 아미노산 서열에 따라 사슬의 부분 사이에 다양한 형태의 결합이 형성된다. 단백질의 독특한 형태는 다른 분자를 인식하고 결합할 수 있도록 한다. 구형 단백질은 대략 구 모양을 띠며 섬유성 단백질은 긴 섬유 모양이다.

1차 구조(primary structure)는 유전적으로 암호화된 단백질 내의 아미노산 서열이다.

2차 구조(secondary structure)는 한 펩타이드 결합의 산소와 다른 펩타이드 결합의 질소에 부착한, 부분적으로 양전하를 띠는, 수소 사이의 수소 결합으로 안정화되는, 폴리펩타이드 골격의 꼬임 또는 접힘 부위를 포함한다. α-나선(α-helix)은 매 4번째 아미노산 사이의 수소 결합으로 형성된 나선이다. β 병풍구조(β pleated sheet)는 서로 평행하게 놓인 폴리펩타이드 골격 부위를 따라 반복되는 수소 결합으로 연결되어 있다.

3차 구조(tertiary structure)는 아미노산의 다양한 곁사슬 (R기) 사이의 상호작용으로 인해 생긴 단백질의 3차원 구조이다. 아래와 같은 여러 화학적 상호작용이 안정되고 독특한 단백질 모양을 이루도록 한다: 물에 의한 반발력에 의해 분자의 중심에 모여 덩어리를 이룬 비극성 곁사슬 사이의 소수성 상호작용(hydrophobic interaction), 비극성 곁사슬을 따라 존재하는 반데르발스 상호작용, 극성 곁사슬 사이의 수소 결합 및 음전하를 띤 곁사슬과 양전하를 띤 곁사슬 사이의 이온 결합. 이황화 결합(disulfide bridge)이라 불리는 강한 공유 결합이 폴리펩타이드가 접히면서 가까워진 시스테인의 황화수소기 사이에서 일어나기도 한다.

4차 구조(quaternary structure)는 둘 이상의 폴리펩타이드로 이루어진 단백질에서 일어난다. 각 폴리펩타이드 소단위는 구조적으로 정확하게 배열을 이루면서 연결되어 기능성 단백질을 형성한다.

유전병인 낫형 적혈구빈혈증(sickle-cell disease)은 단 하나의 아미노산이 변화되어 헤모글로빈 분자 구조에 영향을 미쳐서 적혈구 세포를 낫모양으로 변형시켜 작은 혈관을 막는다.

단백질의 3차 구조를 유지하는 결합이나 상호작용은 pH 변화, 염 농도나 온도 등의 방해를 받아 단백질을 풀리게 한다. 단백질을 유기 용매에 넣어도 변성(denaturation)된다. 이 경우 소수성 부위는 비극성 용매와 작용하여 바깥쪽에 위치하게 된다.

생화학자들은 X선 결정학(X-ray crystallography) 기술을 사용하여 많은 단백질의 구조를 밝혀냈다. 이러한 구조들을 한 단백질의 서로 다른 부위의 특정한 기능과 연관시킬 수 있다.

참고자료: 캠벨 생명과학 요점과 문제풀이, Martha R. Taylor , Urry , Cain , Wasserman , Minorsky , Jackson , Reece 저자(글) · 전상학 , 강성만 , 고영규 , 권혁빈 외 23명 번역, 바이오사이언스 · 2016년 08월 30일

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화학의 미스터리, 김성근 , 이영민 , 김경택 , 정택동 , 윤완수 , 김유수 , 이동환 , 이광렬 , 석차옥 , 박태현 저자(글)

반니 · 2019년 09월 30일

단백질이 없으면 생명도 없다, 다케무라 마사하루 저자(글) · 배영진 번역, 전나무숲 · 2018년 11월 19일

단백질 실험노트(상), 강전아인 , 宮崎 香 저자(글) · 안봉애 , 이용호 번역, 바이오사이언스출판 · 2017년 08월 30일

단백질체학, Richard M. Twyman 저자(글) · 임재환 , 김용태 , 김용호 , 김지인 , 김지회 , 백규원 , 서을원 , 소인섭 , 이상원 , 이용석 번역, 월드사이언스 · 2019년 02월 10일

프리온, D. T. 맥스 저자(글) · 강병철 번역, 꿈꿀자유 · 2022년 08월 01일

잠 못들 정도로 재미있는 이야기: 단백질, 후지타 사토시 저자(글) · 김정아 번역 · 차원 감역, 성안당 · 2020년 12월 15일

심화 탐구 참고 논문

단백질 구조 형성 원리

Principles of protein folding–a perspective from simple exact models.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2143098/

Recent advances in de novo protein design: Principles, methods, and applications

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0021925821003367

Advances in protein structure prediction and design

https://www.nature.com/articles/s41580-019-0163-x

단백질 구조 예측

Protein Structure Prediction: Challenges, Advances, and the Shift of Research Paradigms

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022923000657

Toward the solution of the protein structure prediction problem

https://www.jbc.org/article/S0021-9258(21)00670-0/fulltext

단백질 구조 예측과 항체 설계

Fast, accurate antibody structure prediction from deep learning on massive set of natural antibodies

https://www.nature.com/articles/s41467-023-38063-x

Antibody structure prediction using interpretable deep learning

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2666389921002804

Challenges in antibody structure prediction

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9928471/

생명심화탐구 수업 신청

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2028학년도 서울대학교 대입전형 개편 방안 정리



고등학교, 교육과정 핵심역량

서울대학교, 교육 목표 및 핵심역량

역량 중심 평가 체제

서울대학교 신입생 선발 기준

-종합적 사고 역량: 분석적 사고, 추론적 사고, 평가적 사고

-창의적 사고 역량: 창의적 사고, 융합적 사고, 개방적 사고, 심미적 감성

-지식탐구 역량: 지식정보처리, 기초지식 탐구, 전공 탐구, 비판적 탐구 및 문제해결

-공동체 역량: 공동체 의식, 글로벌 역량, 사회 공헌

-자기관리 역량: 학습동기 관리, 학습전략 활용, 자기조절

-협력적 소통 역량: 의사소통, 협력적 리더십

미래가 요구하는 창의적 문제해결 능력을 갖춘 학생 선발을 위한 대입 제도 마련

대학 수학에 필요한 실질적 역량을 검증하는 미래형 대입전형 체제로 전환


서울대학교 입학 정책 방향

-창의 융합 인재 선발을 위한 종합역량평가

-공공성과 다양성을 실현


전형요소 검토

1) 대학수학능력시험(수능)

2) 학교생활기록부(학생부)

3) 면접평가(면접)

전형 요소

자율성, 타당성, 공공성

전형요소 활용 현황과 과제

1) 수능: 고교 교육과 유리된 현행 수능 체제는 학생의 대학 수학 준비에 미흡

2) 서류평가: 서울대의 선도적인 서류(학생부) 평가 전문성을 활용, 종합역량평가로 명료화, 고교 교육과정 교과역량 중심 평가로 재편

3) 면접: 다양한 역량 평가 및 검증에 한계

–> 이전 면접 방식의 문제를 인지하고 개선하고자 함(현실적으로 전문성이 충분하지 않은 서류 평가 담당자는 서류를 평가하는 데 어려움이 많을 것으로 예상함, 현 고등학생의 전공과 진로 관련 심화 탐구는 학술 자료(논문)를 읽고 배우고 느낀 점을 작성하고 있는데 –> 이를 비전공자가 평가하는 것은 어려울 것임 –> 기계적인 평가로 인해 특정 집단에게 유리하게 작용할 가능성이 있음(특히 서류평가) –> 여러 분야에 관한 전문성을 갖춘 전문가나 교수가 서류 평가와 면접에 참여해야 함 –> 소극적인 대응으로는 해결이 불가할 것임 –> 특정 집단에 유리한 서류 평가와 면접이 이루어질 가능성이 있음


대입 전형 설계

학생부위주전형과 수능위주전형

학생부위주전형, 수시모집, 종합역량평가 심층화

1단계: 학생부 이수내역, 학생부 성취도, 학생부 학업수행, 학생부 교과 외

2단계: 면접, 창의융합 역량평가

수능위주전형, 정시모집, 교과역량평가 강화

1단계: 수능 공통

2단계: 수능 공통, 학생부 이수내역, 학생부 성취도, 학생부 학업수행, 학생부 교과 외(공동체)


수시모집 종합역량평가 심층화

1) 전형 설계 방향

-종합역량평가: 학생 역량의 우수성을 검증하는 종합역량평가로서 서류(학생부)평가의 전문성 강화

-면접평가 심층화: 학생 맞춤형(다면화) 평가로서 심층적 역량을 검증하는 창의 융합 역량평가 면접 실시

2) 수시 모집 설계 모형

1단계: 학생부 이수내역, 학생부 성취도, 학생부 학업수행, 학생부 교과 외

2단계: 면접, 창의융합 역량평가

-단계별 전형을 실시함

-1단계는 종합역량평가를 실시하여 모집인원의 2배수를 선발함

-2단계는 창의 융합역량평가 면접을 실시하여 선발함

-수능은 활용하지 않으며, 2단계 평가에서 1단계 성적을 반영함

–>

1단계: 서류평가 100점

2단계: 1단계(100점), 면접평가 100점

1단계, 종합역량평가, 교과역량 중심의 종합역량평가로 명료화, 선택과목 이수 내용을 반영함, 과목 특성, 수강자 규모, 원점수, 과목 평균, 성취도별 학생 비율 등을 고려해 정성적으로 평가함, 교육과정 성취기준에 따른 학생의 성취수준을 평가 근거로 활용함, 종합 사고 역량, 창의 탐구 역량, 공동체 역량 등을 평가함

2단계, 창의 융합역량평가 면접, 창의적 문제해결 수행 평가함

3) 학생부 평가(서류평가)방향

-학생의 실질적 대학 수학 역량을 심층적으로 평가하는 교과역량 중심의 종합역량평가로 명료화

4) 종합역량평가

목표: 교과별 학습활동 내용을 통해서 분석적 논리적 사고력, 지식 및 정보 활용 능력, 주도적 문제해결 및 과제 추진 능력, 공감 소통능력 등 종합 역량을 평가

평가항목: 종합 사고 역량, 창의 탐구 역량, 공동체 역량

평가개요: 교과목(별) 교과역량 도달 수준을 확인하여 대학 학업을 위한 종합역량 평가, 고교 생활에서 학생이 성취한 각 교과 본연의 깊이 있는 교과역량을 평가하여 대학 학업을 위한 준비도 검증

평가근거: 고등학교 교육과정 성취기준에 따른 학생의 성취수준, 평가의 객관성과 타당성을 확보, 학생부 평가의 신뢰도 회복에 이바지

평가내역: 교과별 선택과목 이수 내역과 교과 성취도, 학업 수행 내용 등, 모집단위 기초 학업 역량을 위한 진로 적성에 따른 과목 이수 내역과 깊이 있는 학습 경험을 중시

5) 면접 활용 방향

-창의적 문제해결 역량을 평가하는 면접으로 전환

-역량의 다양성(창의적 문제해결 능력, 의사소통 능력, 비판적 사고력등)과 우수성을 엄정히 측정할 수 있는 면접 모델 마련

-서울대학교 인재선발 핵심역량과 면접 유형과의 연계성 강화

-면접 방식 다면화 검토

6) 심층 역량평가를 위한 면접 개선 연구

-현행 면접 방식에 대한 비판 및 문제점 수렴