태그 보관물: 유전공학의 이해

염기 서열 분석 차세대 염기 서열 분석 염기 서열 정보의 활용-과학 심화 탐구

The sequence of sequencers: The history of sequencing DNA

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4727787/

서열 분석기의 서열: DNA 서열 분석의 역사

생물학적 시료에서 핵산 잔기의 순서를 결정하는 것은 다양한 연구 응용 분야에서 필수적인 구성 요소입니다. 지난 50년 동안 수많은 연구자가 이러한 위업을 촉진하기 위한 DNA 및 RNA 분자 서열 분석 기술의 생산에 전념해 왔습니다. 이 시간 규모는 짧은 올리고뉴클레오티드의 서열 분석에서 수백만 개의 염기 서열 분석으로, 단일 유전자의 코딩 서열 추론을 향한 고군분투에서 신속하고 널리 이용 가능한 전체 게놈 서열 분석으로 이동하는 엄청난 변화를 목격했습니다. 이 기사에서는 여러 세대의 시퀀싱 기술을 반복하면서 그 기간을 훑어보며 그 과정에서 발견된 몇 가지 주요 발견, 연구자 및 시퀀스를 강조합니다.

1세대 방법을 통해 클론 DNA 집단의 서열 분석이 가능해졌습니다.

2세대는 많은 반응을 병렬화하여 처리량을 대폭 늘렸습니다.

3세대 방법을 사용하면 단일 DNA 분자의 직접적인 서열 분석이 가능합니다.

생물학 연구에서 DNA 서열 분석의 중요성은 아무리 강조해도 지나치지 않습니다. 가장 근본적인 수준에서는 육상 생명체를 정의하고 서로 구별할 수 있는 주요 특성 중 하나를 측정하는 방법입니다. 따라서 지난 반세기 동안 전 세계의 많은 연구자는 DNA 서열 분석을 뒷받침하는 기술을 개발하고 개선하는 데 많은 시간과 자원을 투자했습니다. 주로 접근 가능한 RNA 표적을 대상으로 작업하는 이 분야가 탄생할 당시 연구자들은 12개에서 100개까지의 뉴클레오타이드 길이에 해당하는 서열을 생성하는 데 수년을 힘들게 보냈습니다. 수년에 걸쳐 시퀀싱 프로토콜, 분자생물학 및 자동화의 혁신으로 시퀀싱 기술 역량이 향상되면서 비용은 절감되었습니다. 수백 개의 염기쌍 길이의 DNA를 읽을 수 있으며 대규모 병렬화를 통해 한 번의 실행으로 기가 베이스의 데이터를 생성할 수 있습니다. 연구원들은 젤을 붓는 것부터 코드를 실행하는 것까지 실험실에서 컴퓨터로 이동했습니다. 게놈이 해독되고, 논문이 출판되고, DNA 서열 데이터 저장소가 계속 늘어나면서 회사가 시작되었다가 나중에 해체되기도 했습니다. 따라서 여러 측면에서 상대적으로 최근의 미래 지향적인 연구 분야인 DNA 서열 분석은 풍부한 역사가 있습니다. 이 역사를 이해하면 현재 방법론에 대한 이해를 제공하고 이전 세대에서 배운 교훈이 다음 세대의 진행 상황에 영향을 미치므로 미래 방법론에 대한 새로운 통찰력을 제공할 수 있습니다.

DNA sequencing: an overview of solid-state and biological nanopore-based methods

https://link.springer.com/article/10.1007/s12551-021-00857-y

DNA 서열 분석: 고체 및 생물학적 나노기공 기반 방법의 개요

시퀀싱 분야는 출현 이후 상당한 관심을 끄는 주제이며 시간이 지남에 따라 점점 더 중요해지고 있습니다. 이 분야, 특히 DNA 및 RNA 서열 분석과 관련하여 인상적인 성과를 거두었습니다. 1950년대 Sanger와 동료들의 첫 번째 업적 이후 많은 시퀀싱 기술이 개발되었지만, 나머지 기술은 사라졌습니다. DNA 서열 분석은 3세대에 걸쳐 주요한 진화를 거쳤습니다. 세대마다 간략하게 언급되는 고유한 사양이 있습니다. 이들 세대 중에서 나노포어 시퀀싱은 여기에서 더 많은 관심을 받는 고유한 흥미로운 특성이 있습니다. 3세대 기술에 사용되는 선구적인 기술 중에서 생물학적 또는 고체 상태의 나노기공은 실험적으로 또는 이론적으로 광범위하게 연구되었습니다. 모든 시퀀싱 기술에는 장단점이 있으므로 나노포어도 이러한 일반 규칙에서 벗어나지 않습니다. 그 장애를 극복하기 위해 어떤 연구가 진행되었는지도 전반적으로 지적된다. 이 리뷰에서는 생물학적 및 고체 나노기공에 대해 자세히 설명하고 이들의 응용에 대해서도 간략하게 논의합니다.

1세대 방법은 혁신적이었지만 비용이 많이 들고 작은 가닥만 서열 분석할 수 있다는 단점이 있었습니다. 2세대 기술은 합리적인 시간 비용 규모로 게놈 서열 분석을 수정하고 처리량을 향상하는 동시에 오류가 발생할 수 있는 DNA 증폭이 여전히 필요했습니다. 3세대는 몇 단계 더 발전하여 직접 시퀀싱, 더 긴 염기 읽기, 실시간 시퀀싱 및 단일 분자 특성과 같은 특성을 획득했습니다. 새로운 기술을 기반으로 한 DNA 염기 서열 분석의 미래에 대해 매우 낙관적이어야 하지만, 여전히 연구자들이 극복해야 할 장애물이 있습니다. 더 진보적으로 보이는 것은 더 기밀이지만 훨씬 더 많은 계산 비용이 필요하므로 더 번거로운 양자 시뮬레이션입니다.

Sanger 염기서열분석 단계 및 기법

https://www.sigmaaldrich.com/KR/ko/technical-documents/protocol/genomics/sequencing/sanger-sequencing

Differences Between NGS and Sanger Sequencing

https://www.illumina.com/science/technology/next-generation-sequencing/ngs-vs-sanger-sequencing.html

Guidelines for Sanger sequencing and molecular assay monitoring

https://journals.sagepub.com/doi/10.1177/1040638720905833

Sanger 시퀀싱 및 분자 분석 모니터링에 대한 지침

Sanger 기술을 사용한 유전자 서열 분석, 즉 DNA 서열 분석은 수의학 진단 커뮤니티에서 널리 사용되었습니다. 본 기술은 PCR 결과를 검증하는 역할을 하며, 계통발생학적 분석, 역학조사, 법의학 조사에 필요한 유전자 서열 데이터를 제공하는 데 사용됩니다. 미국 수의학 실험실 진단사 협회의 실험실 기술 위원회는 검체 준비, 시퀀싱 시설 또는 기기 제출, 수행된 핵산 서열 데이터의 품질 평가, 진단 적용을 위한 기본 시퀀싱 데이터 및 계통발생 분석 생성을 위한 지침을 준비했습니다. 이 지침은 실험실이 일관되고 고품질의 제품을 제공하도록 지원하는 것을 목표로 합니다.

Applications of Single-Cell DNA Sequencing

https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev-genom-111320-090436

지난 10년 동안 생명의 기본 단위인 단일 세포에 대한 게놈 분석이 가능해졌습니다. 단일 세포 DNA 시퀀싱은 체세포 돌연변이 유발, 유기체 발달, 게놈 기능 및 미생물학을 비롯한 다양한 연구 분야에서 이전에는 접근할 수 없었던 생물학적 질문에 대한 빛을 밝혀주었습니다. 단일 세포 DNA 시퀀싱은 또한 종양학, 생식능력 및 그 이상을 포괄하는 미래의 생의학 및 임상적 영향력을 약속합니다. RNA와 단백질을 프로파일링하는 단일 세포 접근 방식은 세포 다양성에 대한 이해를 크게 확장했지만, 생물학 및 중요한 생물 의학 응용 분야의 많은 근본적인 질문에는 단일 세포의 DNA 분석이 필요합니다. 여기에서는 단일 세포 DNA 염기 서열 분석이 고유하게 적합하거나 필요한 응용 분야와 생물학적 질문을 검토합니다.

Next-Generation Sequencing Technology: Current Trends and Advancements

https://www.mdpi.com/2079-7737/12/7/997

차세대 시퀀싱 기술: 현재 동향 및 발전

차세대 시퀀싱(NGS)은 유전체학 연구에 사용되는 강력한 도구입니다. NGS는 한 번에 수백만 개의 DNA 단편의 서열을 분석하여 게놈 구조, 유전적 변이, 유전자 활동 및 유전자 행동 변화에 대한 자세한 정보를 제공할 수 있습니다. 최근의 발전은 더 빠르고 정확한 시퀀싱, 비용 절감 및 향상된 데이터 분석에 중점을 두었습니다. 이러한 발전은 유전체학에 대한 새로운 통찰력을 제공하고 질병 및 맞춤형 의료에 대한 이해를 향상하는 데 큰 가능성을 제시합니다. 이 리뷰 기사에서는 NGS 기술에 대한 개요와 NGS 기술이 임상 유전체학, 암, 전염병, 미생물 군집 연구 등 다양한 연구 분야에 미치는 영향을 제공합니다.

A Review on the Applications of Next Generation Sequencing Technologies as Applied to Food-Related Microbiome Studies

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2017.01829/full

식품 관련 미생물 연구에 적용되는 차세대 염기 서열 분석 기술의 응용에 대한 검토

차세대 염기 서열 분석(NGS) 기술의 발전으로 연구자들은 미생물의 세계를 더 넓고 깊은 관점에서 연구하고 이해할 수 있게 되었습니다. DNA 염기 서열 분석 기술의 현대적 진보는 박테리아 게놈의 더욱 정밀한 특성 규명을 가능하게 했을 뿐만 아니라, 게놈 본질이 환경이 특정 신체 생태인지 아닌지에 관계없이 환경에 서식하는 미생물의 결합된 유전 물질인 복잡한 미생물군집의 더 깊은 분류학적 식별을 제공했습니다. (예: 인간 장 내용물) 또는 식품 제조 시설 에코니쉬(예: 바닥 배수구). 현재까지 16S rDNA 시퀀싱, 메타유전체학 및 메타전사체학은 식품 관련 미생물군집의 분류학적 식별 및 특성화에 사용되는 세 가지 기본 시퀀싱 전략입니다. 이러한 시퀀싱 전략은 DNA 및 RNA 서열 식별을 위해 다양한 NGS 플랫폼을 사용했습니다. 전통적으로 16S rDNA 염기서열 분석은 식품 관련 미생물군집의 분류학적 구성을 이해하는 데 핵심적인 역할을 해왔습니다. 최근 메타게놈 접근법은 종 수준/균주 수준 특성화를 제공함으로써 미생물군집에 대한 이해를 향상시켰습니다. 또한, 메타전사체 접근법은 단일 미생물군집 내에서 서로 다른 미생물 군집 간의 복잡한 상호작용의 기능적 특성화에 기여했습니다. 많은 연구에서 발효 식품의 미생물군집 조사에 NGS 기술을 사용하는 것이 강조되었습니다. 그러나 비발효 식품의 미생물 연구에 NGS 기술을 활용하는 것은 제한적입니다.

The road ahead in genetics and genomics

https://www.nature.com/articles/s41576-020-0272-6#Sec12

유전학과 유전체학의 미래

Nature Reviews Genetics 20주년을 기념하여 우리는 12명의 주요 연구자에게 유전학과 유전체학 분야가 직면한 주요 과제와 기회에 대해 생각해 보도록 요청했습니다. 특정 연구 분야를 염두에 두고 그들은 현재의 활동 상태를 조사하고 궁극적으로 모든 사람이 유전 및 게놈 연구의 이점을 느낄 수 있도록 향후 몇 년 동안 수행해야 할 작업을 강조합니다.

Utility and Diversity: Challenges for Genomic Medicine

https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev-genom-120220-082640

유용성과 다양성: 게놈 의학의 과제

게놈 정보는 침투성이 높은 유전적 조건을 넘어 침투성이 낮은 유전형과 일반적인 장애까지 확장되어 임상 치료에서 점점 더 많은 역할을 할 준비가 되어 있습니다. 그러나 이러한 변화로 인해 임상적 유용성에 대한 문제가 중요한 과제가 되었습니다. 게놈 정보의 다양한 용도를 평가하고 해당 정보를 획득하는 데 필요한 정보를 결정하려면 공동 노력이 필요합니다. 해당 프로세스가 공평한 이익을 제공하려면 또 다른 과제도 해결해야 합니다. 바로 게놈 데이터의 다양성 부족입니다. 현재의 게놈 지식은 주로 유럽계 인구로부터 나오므로, 게놈학의 건강상의 이점이 나타날 때 대부분 인구가 부족해질 위험이 있습니다. 이 두 가지 과제는 유전학자로서의 내 경력을 정의했으며 해결책은 학문적, 사회적 격차를 뛰어넘는 대화에서 시작되어야 한다는 점을 가르쳐 주었습니다.

추천도서

유전학의 이해 6 판, Benjamin A. Pierce 저자(글) · 전상학 , 권혁빈 , 김남수 , 김세재, 남종길, 소문수, 심용희, 오범석, 유시욱, 이일하, 이임순, 이준규, 장연규, 정민걸 외 번역, 라이프사이언스 · 2017년 09월 01일

후성유전학, 후성유전학연구회 저자(글), 범문에듀케이션 · 2022년 09월 01일

HARTWELL 유전학, Leland H. Hartwell , Michael L. Goldberg , Janice A. Fischer , Leroy Hood 저자(글) · 한국유전학회 번역, 교문사 · 2022년 01월 28일

의학유전학, 8 판, 박선화 외 저자(글), 범문에듀케이션 · 2017년 09월 01일

유전공학의 이해, 남상욱 , 권혁빈 , 최선심 저자(글), 라이프사이언스 · 2016년 09월 01일

GENOMES 4 유전체 분자 생물학, T.A. BROWN 저자(글) · 이동희 , 하영미 , 권혁빈 , 정인실 번역, 월드사이언스 · 2018년 08월 20일

식물유전자, 유전체 그리고 유전학, Erich Grotewold , Joseph Chappell , Elizabeth A. Kellogg 저자(글) · 김남수 , 양태진 , 박용진 번역, 월드사이언스 · 2017년 02월 20일

유전체 데이터 분석 1 기초편, 김주한 , 이계화 , 김태민 , 김도균 , 김동섭 , 한미령 , 최선심 , 이채영 , 최무림 , 강양제 , 이영희 , 노미나 저자(글), 범문에듀케이션 · 2023년 04월 03일

유전체 데이터 분석 2: NGS편, 암과 질병 유전체, 김주한 저자(글), 범문에듀케이션 · 2020년 03월 02일

유전체 전망대에서 바라본 필수 유전학, Daniel L. Hartl 저자(글) · 김성룡 , 김남우 , 김선형 , 김욱 , 김현희 , 배영석 , 소문수 , 유민 , 이동현 , 이정섭 , 이준규 , 이형호 , 전성호 , 최인순 , 최철용 , 황승용 번역, 월드사이언스 · 2020년 10월 15일

식물생명공학, 김선형 , 강시용 , 곽유리나 , 권석윤 , 김승일 , 김종보 , 반충진 , 우수영 , 이효연 저자(글), 라이프사이언스 · 2023년 03월 01일

인류의 미래를 바꿀 유전자 이야기, 김경철 저자(글), 세종서적 · 2020년 04월 27일

유전자 임팩트, 케빈 데이비스 저자(글) · 제효영 번역 · 배상수 감수, 브론스테인 · 2021년 05월 26일

DNA 혁명 크리스퍼 유전자가위, 전방욱 저자(글), 이상북스 · 2017년 11월 07일

https://simagebank.com/wp/599/

효소의 활용-과학 심화 탐구

효소의 활용, 생명공학적 응용, 효소 치료, 효소 고정화 기술, 산업 응용,

▣ 생명체 내에서의 화학 반응

(1) 생명체에서 일어나는 대부분의 화학 반응에는 효소의 촉매 반응이 필요하다.

(2) 촉매: 화학 반응에서 소모되거나 변화되지 않으면서 활성화 에너지를 변화시켜 반응 속도를 조절하는 물질이다. 생명체 밖에서 화학 반응을 촉진하는 무기 화합물은 무기 촉매라고 부른다.

(3) 생명체에서 합성되는 효소는 생체 촉매라고 부르며, 생명체에서 화학 반응의 속도를 증가시킨다.

02 효소

▣ 효소의 작용

(1) 활성화 에너지는 화학 반응이 일어나는 데 필요한 최소한의 에너지로, 반응물이 넘어야 할 에너지 장벽이다.

(2) 반응물이 활성화 에너지 이상의 충분한 에너지를 가지고 있어야만 화학 반응이 일어날 수 있다.

(3) 효소는 활성화 에너지를 낮춤으로써 더 많은 반응물이 화학 반응에 참여할 수 있도록 하여 화학 반응의 속도를 증가시킨다.

(4) 반응열: 화학 반응이 일어날 때 방출되거나 흡수되는 열로 반응물과 생성물의 에너지 차이를 의미한다. 반응열은 효소의 영향을 받지 않기 때문에 효소의 유무에 상관없이 반응열의 크기는 일정하다.

(5) 효소와 결합하는 반응물을 기질이라고 하며, 효소는 기질과 결합하여 효소·기질 복합체를 형성함으로써 활성화 에너지를 낮추어 화학 반응을 촉진한다.

(6) 기질이 효소의 활성 부위에 결합하여 복합체를 이루고 있는 동안 효소의 촉매 작용으로 기질은 생성물로 전환되며, 화학 반응이 끝나면 효소와 생성물이 분리된다. 분리된 효소를 다시 새로운 기질과 결합하여 촉매 작용을 반복한다.

(7) 효소는 화학 반응 동안 소모되거나 변화하지 않으면서 기질과 결합하여 촉매 작용을 반복하기 때문에 생명체에서 효소가 촉매하는 화학 반응은 매우 빠르게 일어난다.

Use of Enzymes in Dairy Industry: A Review of Current Progress

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8410156/

유제품 산업에서의 효소 활용: 현재 진행 상황 검토

이 리뷰 논문은 유제품 응용 분야에서 다양한 효소의 기능과 사용에 대한 귀중한 정보를 제공하는 것을 목표로 했습니다. 효소는 단백질이라고 불리며 특정 반응을 촉매합니다. 모든 효소는 특정한 결과를 가져오는 특정한 반응을 시작하도록 고안되었습니다. 또한, 인체에는 수많은 효소가 존재합니다. 유제품 응용에는 소유제품의 알레르기 특성을 줄이기 위한 프로테아제와 치즈의 풍미를 향상하기 위한 리파아제와 같은 다양한 효소의 사용이 포함됩니다. 산에 용해되는 카세인은 향이 없고 단백질 분해의 한계로 인해 음료 및 산성 식품에 첨가하기에 적합할 수 있습니다. 카세인 가수분해물은 소 우유에 알레르기가 있는 신생아를 위한 우유 단백질 기반 식품에 사용하는 것이 더 좋습니다. 지방분해는 스위스 치즈의 맛에 중요한 역할을 합니다. 블루 치즈의 후추 맛은 단쇄 불포화 지방과 메틸 케톤에 의해 생성됩니다. 유제품 공정에 제한적으로 적용되는 많은 보조 효소로는 설프하이드릴 산화효소, 락토페록시다제, 포도당 산화효소, 카탈라제, 라이소자임 및 슈퍼옥사이드 디스뮤타제가 있습니다. 카탈라아제와 포도당 산화효소는 모두 식품 보존 과정에 활용됩니다. 유제품의 더 나은 생산과 유제품 기술의 미래를 위해 필요한 유제품의 미량 효소 범위. 유제품 가공에 사용되는 미생물 효소 생산을 위한 세계 시장은 눈에 띄게 증가하고 있습니다. 그러나 시장에는 제한된 수의 효소 생산 산업이 있습니다. 단백질분해효소, 락타아제, 리파아제의 생산, 미생물 레넷은 실험실과 소규모에서 증가하고 있습니다. 가까운 장래에, 영양실조와 비만을 극복하고 저지방 및 건강식품으로 전환하기 위해 국가에서 상당한 영양 가치가 있는 유제품에 대한 요구로 인해 이러한 효소에 대한 필요성은 의심할 여지 없이 많이 증가할 것입니다.

키워드: 유제품 산업, 효소, 유제품, 유제품 기술

효소원천응용
아밀라아제바실러스 (Bacillus) 및 아스퍼질러스 (Aspergillus) 종 .전분 액화 . 베이킹 , 양조 , 섬유 , 세제 등
베타 -글루카나제바실러스 종 .양조 및 동물 사료
브로멜라인파인애플고기연화 , 맥주의 냉각
셀룰라아제트리코데르마종 (Trichoderma spp.)섬유 바이오연마 , 펄프 및 종이 , 세제
키모신종아리 위치즈 제조
피신무화과고기 연화
포도당바실러스 (Bacillus) 및 스트렙토마이세스 (Streptomyces) 종 .포도당을 과당으로 이성질체화
리파제슈도모나스 종 .세제 , 유지 , 베이킹 , 가죽 , 종이 등
파파인파파야 라텍스고기 연화 , 양조
펙티나제아스퍼질러스종과일 주스 정화의 펙틴 가수분해
프로테아제바실러스 (Bacillus) 및 아스퍼질러스 (Aspergillus) 종 .세제 , 양조 , 고기 연화 , 베이킹 , 세척 , 동물성 단백질 가수분해 , 기능성 고기 단백질 등
펩신도살된 동물의 위소화 보조제
트랜스글루타미나제스트렙토미세스 종 .단백질 가교 및 겔화 및 고기 결합
트립신도살된 동물의 위소화 보조제 .

Current Technological Improvements in Enzymes toward Their Biotechnological Applications

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2016.00965/full

생명공학적 응용을 위한 효소의 현재 기술 개선

극한성 물질의 효소는 고유한 특성과 극한 조건에서 엄청난 촉매 작용 능력으로 인해 연구자들 사이에서 관심을 불러일으키고 있습니다. 커뮤니티의 요구가 더욱 강화됨에 따라 연구자들은 다양한 접근 방식을 적용하고 있습니다. 호극성 종의 데이터베이스를 늘리기 위한 메타유전체학. 더욱이, 재조합 DNA 기술과 단백질 공학의 다양한 도구를 활용하여 자연 발생 효소에 대한 혁신이 이루어지고 있으며, 이를 통해 공정에 더 잘 맞도록 효소를 재설계할 수 있습니다. 이 리뷰에서 우리는 낮은 온도에서 생존하는 동안 호냉성균의 생화학적 제약에 대해 논의합니다. 우리는 그러한 효소의 출처와 시험관 내에서의 현재 지식을 요약합니다. 생명공학적 잠재력을 탐구하기 위해 돌연변이 유발을 통한 변형. 마지막으로, 비용 효율적인 방식으로 공정의 효율성을 높이기 위해 미생물 세포 표면 디스플레이를 요약합니다.

표적 효소 또는 단백질을 코딩하는 새로운 유전자의 채굴

새로운 효소를 복구하기 위해 배양 독립적인 접근 방식인 메타게놈학은 현대 생명공학에 축복이 되었습니다. Metagenomics는 환경 샘플에서 직접 게놈 DNA를 분리하는 것으로 구성되며, 이는 높은 처리량 시퀀싱 즉, 분석됩니다. 배양 중 중요한 개체의 손실을 최소화하는 샷건 시퀀싱, 454 파이로시퀀싱. Metagenomics 접근법은 미생물 군집의 구조와 기능적 잠재력을 분석하는 데 사용됩니다. 유전자/종 풍부함, 분포 등의 구조적 분석은 종종 서열 기반 스크리닝으로 수행되는 반면, 환경 미생물 군집의 기능적 잠재력은 기능 기반 스크리닝을 통해 평가됩니다. 메타유전체학은 배양이 거의 불가능하고 산업적 가치가 있는 새로운 효소를 제공하는 극한균에 대한 관문을 열었습니다.

Enzyme Therapy: Current Challenges and Future Perspectives

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8431097/

효소 치료: 현재의 과제와 미래의 전망

최근 몇 년 동안 효소는 섬유증 상태, 안구 병리 또는 관절 문제와 같은 대사 결핍부터 암 또는 심혈관 질환에 이르기까지 다양한 병리학에 대한 유망한 치료 도구로 떠 오르고 있습니다. 효소의 촉매 활성을 기반으로 한 치료법은 광범위한 표적 분자를 전환하여 올바른 생리학적 대사를 회복시킬 수 있습니다. 이러한 치료법은 친화력과 특이성으로 인해 확립된 치료법에 비해 몇 가지 장점이 있습니다. 그러나 효소는 짧은 생체 내 반감기, 표적 작용의 결여, 특히 효소에 대한 환자의 면역 체계 반응과 같은 몇 가지 문제를 제시합니다. 이러한 이유로 치료 중 혈청 면역 반응을 감시하는 것이 중요합니다. 이는 기존 기술(ELISA)뿐만 아니라 마이크로어레이와 같은 새로운 유망 도구를 통해서도 달성할 수 있습니다. 이러한 분석은 높은 처리량의 분석 능력, 단순성 및 효소 치료 중 환자의 면역 반응을 감시할 수 있는 잠재력으로 인해 인기를 얻었습니다. 성장하고 있는 이 분야에서는 코로나 19와 같은 현재의 건강 문제를 해결하기 위한 연구가 여전히 진행 중입니다. 현재 안지오텐신 전환 효소 2(ACE2)를 사용하는 유망한 치료 대안이 코로나19 치료를 위해 연구되고 있습니다.

키워드: 생명공학, 효소 치료, 캡슐화, 효소의 분자 변형, 면역 반응 모니터링, 마이크로어레이, 코로나19

질병 /
상태
원인 /병리치료 효소 *참조 .
리소좀축적질환
고셔병글루코세레브로시다제 결핍글루코세레브로시다아제 [Cerezyme, Vprip, Taliglucerase alpha][ 25 ], (a,b,c)
헌터증후군이두로네이트 -2-설파타제 결핍이두로네이트 -2-설파타제 [Elaprase][ 26 ], (d)
파브리병α-갈락토시다아제 A 결핍α, β-갈락토시다아제 A [Replagal, Fabrazyme][ 28 ], (e,f)
헐러증후군α-L-이두로니다제 결핍α-L-이두로니다제 [알두라자임 ][ 29 ], (g)
모르퀴오 증후군 A 형N-아세틸갈락토사민 -6-설페이트 설파타제 결핍N-아세틸갈락토사민 -6-설페이트 설파타제
[비미짐 ]
[ 30 ], (h)
마로토 -라미
증후군
아릴설파타제 B 결핍N-아세틸갈락토사민 -4-설파타제 [나글라자임 ][ 31 ], (i)
교활한 증후군β-글루쿠로니다제 결핍β-글루쿠로니다아제 [Mepsevii][ 32 ], (j)
α-만노신증α-D-만노시다제 결핍벨마나제 α [람제데 ][ 33 ], (k)
바텐병트리펩 티딜 펩티다제 1 의 결핍세리포나제 α [브리네우라 ][ 34 ], (l)
폼페병산성 α-글루코시다제 결핍α-글루코시다제 [미오자임 ][ 35 ], (m)
대사 결핍
외분비 췌장 부전 (EPI)췌장 효소 의 분비 부족췌장효소 [엔제피 ][ 36 , 37 , 38 ], (n)
페닐케톤뇨증 (PKU)페닐알라닌 수산화효소 (PAH) 결핍PAH 및 페닐알라닌 암모니아 분해효소 PAH [Palynziq][ 39 ], (o)
중증복합면역결핍증 (SCID)아데노신 탈아미노 효소 (ADA) 결핍폴리에틸렌글리콜 공액 ADA[ 40 , 41 ]
월만병리소좀산 리파제 결핍리소좀산 리파제 [카누마 ][ 42 ], (p)
급성 간헐 포르피린증 (AIP)하이드록시메틸빌란 합성효소의 결핍하이드록시메틸빌란 신타제 및 포르포빌리노겐 데아미나제[ 43 ]
선천성 수크라제 -이소말타제 결핍증 (CSID)수크라제 및
이소말타제 결핍
사크로시다아제[ 44 ]
저인산염 결핍증알칼리성 포스파타제 (TNSALP)의 조직 비특이적 동종효소 결핍TNSALP [스트렌시크 ][ 45 ], (q)
단백질 C 결핍단백질 C 결핍단백질 C [세프로틴 ][ 46 ], (r)
유당불내증락타아제 -플로리진 가수분해효소의 활성 감소 또는 상실락타아제[ 47 ]
섬유증 상태
만성 완전 폐쇄관상동맥을 막는 섬유성 플라크콜라게나제 Clostridium histolyticum (CCH)[ 48 ]
듀피트렌병손의 근막 조직이 두꺼워짐콜라게나제 Clostridium histolyticum (CCH) [Xiapex][ 22 , 49 ], (들 )
페이로니병음경에 섬유질 플라크 형성콜라게나제 Clostridium histolyticum (CCH)[ 20 ]
자궁근종자궁 주변의 섬유종 조직 성장콜라게나제 Clostridium histolyticum (CCH)[ 50 ]
켈로이드 질환육아 흉터 조직의 과성장콜라게나제 및 매트릭스 메탈로펩티다제[ 51 , 52 ]
폐낭포성 섬유증폐의 비스코스 분비물디옥시리보뉴클레아제 I [풀모자임 ][ 21 ], (티 )
녹내장눈의 섬유주 에 있는 섬유질 형성콜라게나제[ 54 ]
안구 애정
유리체절제술로 치료되는 다양한 안 질환눈의 유리액 기능 장애를
효소 제거 로 해결
콘드로이티나제 , 히알루로니다제 , 나토키나제 및 오크리플라스민 [제트레아 ][ 55 ], (유 )
공동 문제
추간판
탈출증
척추경막을 관통하는 디스크 물질황산콘드로이틴 ABC 엔도리아제[ 56 ]
관절염골극 형성 및
염증
단백질 분해 효소[ 57 , 58 ]
암 의 종류종양 미세환경에서 아미노산 대사 증가PEG 화 아르기닌 데아미나제 및 키누레니나제 [Voraxaze, PEG 히알루로니다제 PH20][ 14 , 59 ], (v,w,x)
백혈병종양 미세환경에서 아미노산 대사 증가L-아스파라기나제 [Spectrila, Kidrolase, Erwinase, Oncaspar][ 16 , 59 ], (y,z)
화학요법으로 인한 고요산혈증종양용해증후군으로 인한 요산 증가요산산화효소 및 라스부리카제 [Fasturtec][ 60 ], (aa)
심혈관 질환
심혈관 질환플라스민에 의해 분해된 피브린 혈전 형성나토키나제 및 유로키나제 [Streptase, Syner-Kinase, Kinclytic, Rapilsyn,
Actilyse, Metalyse]
[ 17 ], (ab,ac,ad,ae,af)
세포외 기질 장애
화상괴사 조직의 변성 콜라겐콜라게나제 Clostridium histolyticum (CCH) [Nexobrid][ 63 , 64 ], (ag)
셀룰라이트진피 중격에 피하 콜라겐 축적콜라게나제[ 65 ]
활성산소종 손상
출혈성 쇼크 로 인한 장기 손상활성산소종 (ROS) 조직 손상과산화물 제거효소[ 66 ]
파킨슨병활성산소종 (ROS) 조직 손상나노자임 (PtCu 나노합금 )[ 68 ]
기타 애플리케이션
체강 질병글루텐 불내증글루텐 분해 효소[ 69 ]
미생물 감염감염 중 미생물 생물막 형성기질 분해 효소 (다당류 분해 효소 , 뉴클레아제 및 프로테아제 )[ 70 ]
염증생리적 항상성을 방해하는 과발현 경로의 염증단백질 분해 효소
(트립신 또는 세라티오펩티다제 )
[ 71 , 72 ]
코카인 과다 복용코카인 독성인간 부티릴콜린에스테라제 (BChE ) 또는
세균성 코카인 에스테라제 (CocE )
[ 73 ]

효소로 치료한 주요 병리 및 상태 요약.

* 괄호 안에는 효소의 상품명이 표시되어 있습니다. EMA가 승인한 효소 약물에 대한 소문자 참조, 해당 목록은 부록 A 에 자세히 나와 있습니다 .

Industrial Applications of Enzymes: Recent Advances, Techniques, and Outlooks

https://www.mdpi.com/2073-4344/8/6/238

효소의 산업적 응용: 최근 발전, 기술 및 전망

산업용 생체촉매로서의 효소는 지속 가능성 및 공정 효율성 측면에서 전통적인 화학 공정에 비해 많은 이점을 제공합니다. 효소 촉매작용은 제약, 식품 및 음료 산업의 상업적 공정을 위해 확장됐지만, 바이오 연료 생산과 천연가스 전환을 위한 에너지 부문의 최적 생체촉매 공정을 위해서는 안정성과 생체촉매 기능의 추가 향상이 필요합니다. 고정화 효소의 구현과 관련된 기술적 장벽은 이러한 산업 규모 공정에 적용할 수 있는 고정화 생체촉매의 개발을 위해서는 다 학문적 접근이 필요함을 시사합니다. 구체적으로는 효소고정화 분야의 기술적 전문성이 중복되어, 단백질 및 공정 공학은 차세대 고정형 생체촉매와 유도 공정의 성공적인 확장을 정의할 것입니다. 이 리뷰에서는 생체촉매가 어떻게 성공적으로 활용되었는지, 효소고정화가 산업 공정을 개선할 방법을 논의할 뿐만 아니라 시장 수익성을 최대화하고 물류 부담을 최소화하면서 제품 수율을 높이기 위해 효소 고정화의 다중 규모 구현에 중요한 분석 도구에 중점을 둡니다.

키워드:효소, 고정화, 산업 응용, 규모 확대, 기술경제적 분석, 수명주기

결론

상업적 규모의 효소 촉매작용은 바이오연료 생산 및 천연가스 전환에 대한 최근 추세에 따라 제약 및 식품과 같은 여러 산업에서 구현되었습니다. 이러한 산업의 제품 수율은 더 온화한 공정 조건과 더 적은 에너지 소비, 폐기물 발생 감소, 탁월한 높은 제품 선택성에서 구현되는 효소 촉매 작용에 의해 제어되어 공정 경제성 및 환경 지속 가능성이 향상되는 것으로 나타났습니다. 그러나 효소 공정의 규모 확대는 생체촉매 안정성의 한계로 인해 크게 방해를 받습니다. 이를 위해 효소 촉매작용의 범위를 확대하고 공정 효율성을 향상하기 위한 매력적인 접근법으로 효소고정화가 제안되고 연구되었습니다. 최적의 효소 개발을 촉진하기 위해서는 고정화 전략에 대한 비판적인 조사가 여전히 필요하며, 상업적 규모의 공정에서 효소 촉매 작용 구현의 적절성을 위해서는 주변 공정 개발을 위한 경제적 원동력에 대한 전체적인 지식이 여전히 필요합니다. 차세대 고정화 생체촉매의 성공적인 산업적 적용은 궁극적으로 단백질 공학, 효소고정화, 프로세스 엔지니어링 및 수명주기 분석이 가장 중요합니다. 향후 구현 전망에서는 효소 수준과 고정화에 사용되는 플랫폼 모두에서 구조-기능 관계뿐만 아니라 낮은 구현 비용으로 최적화된 제품 수율과 통합 조합을 위한 실험 및 전산 접근 방식을 함께 고려해야 합니다.

Enzyme Immobilization Technologies and Industrial Applications

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsomega.2c07560#

효소 고정화 기술 및 산업 응용

효소는 다양한 산업 분야에서 중요한 역할을 하며 많은 산업 제품의 필수 구성 요소입니다. 고정화된 효소는 환경 변화에 대한 저항성이 더 높으며 유리 형태에 비해 쉽게 회수/재활용할 수 있습니다. 고정화의 주요 이점은 열악한 환경 조건(예: 상승된 온도, 극한 pH 값 등)으로부터 효소를 보호하는 것입니다. 고정화된 효소는 수처리장 이외에도 의료, 식품, 세제, 섬유, 제약산업 등 다양한 대규모 산업에 활용될 수 있다. 필요한 응용 분야에 따라 적합한 효소고정화 기술과 적합한 담체 재료가 선택됩니다. 효소고정화 기술에는 공유 결합, 캡슐화, 포착, 흡착 등이 포함됩니다. 이 검토에서는 주로 다양한 기술에 의한 효소고정화와 1992년부터 2022년까지 다양한 산업 응용 분야에서의 효소 활용을 다루고 있습니다. 또한, 특정 제품의 수율을 최대화하기 위한 고정화 효소의 다중 규모 작업에 중점을 둡니다. 마지막으로, 전 세계 효소 생산에 대한 코로나 19 대유행의 심각한 결과에 대해 간략하게 논의합니다.

결론

단백질 추출 기술의 발전과 단백질 공학의 새로운 발전으로 인해 향상된 특성을 보인 특정 효소를 능숙하게 제조할 수 있게 되었습니다. 바이오 촉매에 대한 수요는 많은 산업 분야에서 꾸준히 증가하고 있습니다. 화학 촉매보다 효소의 여러 장점으로 인해 거의 모든 산업 응용 분야에 유리한 대안이 됩니다. 효소고정화는 작동 안정성과 재사용성을 포함하여 여러 가지 경제적, 생태학적, 기술적 이점을 가지고 있습니다. 효소고정화는 생물학적 정화/수질 정화 외에도 식품, 제약, 동물 사료, 섬유, 의료, 세제 분야 등 다양한 산업 분야에 광범위하게 적용됩니다. 여러 효소는 다양한 전략을 사용하여 고정되고(예: 공유 결합 및 포획) 새로운 담체에 결합하고 다양한 대규모 공정에 사용됩니다. 새로운 고정화 전략을 개발할 여지가 여전히 남아 있습니다. 글로벌 효소 시장의 주요 동인은 주로 세제, 의약품, 섬유, 동물 사료, 바이오 연료와 화장품 제조업체의 환경친화적 대체품에 대한 높은 수요와 관련이 있습니다. 산업용 효소 시장은 지난 10년 동안 상당한 성장과 수익을 보였지만 2020년에는 코로나바이러스 전염병으로 인해 부정적인 영향을 받았습니다. 글로벌 공급망의 붕괴로 인해 지난 2년 동안 산업용 효소에 대한 수요가 급격히 감소했습니다. 고정된 형태의 효소는 가까운 미래에 더욱 일반적으로 적용될 것입니다.

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효소, 생명을 작동시키는 작지만 강한 분자기계, 폴 엥겔 저자(글) · 최가영 번역, 김영사 · 2023년 05월 08일

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유전공학의 이해, 남상욱 , 권혁빈 , 최선심 저자(글), 라이프사이언스 · 2016년 09월 01일

효소

02 효소
https://simagebank.com/wp/599/

효소의 작용 특성 생명현상-과학 심화 탐구

◈ 효소의 작용과 특성

▣ 생명체 내에서의 화학 반응

(1) 생명체에서 일어나는 대부분의 화학 반응에는 효소의 촉매 반응이 필요하다.

(2) 촉매: 화학 반응에서 소모되거나 변화되지 않으면서 활성화 에너지를 변화시켜 반응 속도를 조절하는 물질이다. 생명체 밖에서 화학 반응을 촉진하는 무기 화합물은 무기 촉매라고 부른다.

(3) 생명체에서 합성되는 효소는 생체 촉매라고 부르며, 생명체에서 화학 반응의 속도를 증가시킨다.

Enzymes: principles and biotechnological applications

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4692135/

The Central Role of Enzymes as Biological Catalysts

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK9921/

▣ 효소의 작용

(1) 활성화 에너지는 화학 반응이 일어나는 데 필요한 최소한의 에너지로, 반응물이 넘어야 할 에너지 장벽이다.

(2) 반응물이 활성화 에너지 이상의 충분한 에너지를 가지고 있어야만 화학 반응이 일어날 수 있다.

(3) 효소는 활성화 에너지를 낮춤으로써 더 많은 반응물이 화학 반응에 참여할 수 있도록 하여 화학 반응의 속도를 증가시킨다.

(4) 반응열: 화학 반응이 일어날 때 방출되거나 흡수되는 열로 반응물과 생성물의 에너지 차이를 의미한다. 반응열은 효소의 영향을 받지 않기 때문에 효소의 유무에 상관없이 반응열의 크기는 일정하다.

(5) 효소와 결합하는 반응물을 기질이라고 하며, 효소는 기질과 결합하여 효소·기질 복합체를 형성함으로써 활성화 에너지를 낮추어 화학 반응을 촉진한다.

(6) 기질이 효소의 활성 부위에 결합하여 복합체를 이루고 있는 동안 효소의 촉매 작용으로 기질은 생성물로 전환되며, 화학 반응이 끝나면 효소와 생성물이 분리된다. 분리된 효소를 다시 새로운 기질과 결합하여 촉매 작용을 반복한다.

(7) 효소는 화학 반응 동안 소모되거나 변화하지 않으면서 기질과 결합하여 촉매 작용을 반복하기 때문에 생명체에서 효소가 촉매하는 화학 반응은 매우 빠르게 일어난다.

▣ 효소의 특성

(1) 효소는 기질 특이성을 가지고 있어 활성 부위에 잘 들어맞는 입체 구조를 가진 특정 기질하고만 결합하여 반응을 촉매한다.

예) 설탕과 젖당은 모두 이당류의 물질이지만, 소화 효소인 락테이스는 설탕과는 반응하지 않고, 자신의 활성 부위에 잘 들어맞는 입체 구조를 가진 젖당과만 결합하여 젖당을 포도당과 갈락토스로 분해한다.

(2) 기질 특이성을 가지므로 생명체가 가지는 효소의 종류는 기질의 종류만큼 다양하다.

▣ 효소의 구조

(1) 효소 대부분은 단백질이 주성분이며, 그 종류에 따라 단백질로만 구성되어 기능을 수행하는 것도 있지만 비단백질 성분인 보조 인자가 단백질에 결합하여 기능을 수행하는 것도 있다.

(2) 보조 인자가 결합하여 기능을 수행하는 효소의 단백질 부분을 주효소라고 하며, 주효소에 보조 인자가 결합하여 완전한 활성을 가지는 효소를 전효소라고 한다.

(3) 보조 인자의 종류와 기능

– 보조 인자의 종류와 특징: 보조 인자 중에는 주효소에 일시적으로 결합하였다가 반응이 끝나면 분리되어 다른 반응에 참여하는 것도 있지만, 주효소에 강하게 결합하여 분리되지 않는 것도 있다.

◈ 효소의 작용에 영향을 미치는 요인

▣ 온도

(1) 효소가 촉매하는 화학 반응 속도는 효소와 기질이 결합하여 형성되는 효소·기질 복합체의 농도에 비례한다.

(2) 효소가 촉매하는 대부분의 화학 반응에서 온도가 높아질수록 기질은 더 활발하게 움직여 효소의 활성 부위에 빈번하게 충돌한다. 그 결과 효소·기질 복합체가 더 많이 형성되므로 반응 속도가 증가한다.

(3) 반응 속도가 최대가 될 때 온도를 최적 온도라고 한다.

(4) 최적 온도보다 온도가 높아지면 효소의 주성분인 단백질이 열에 의해 입체 구조가 달라지는 변성이 일어나며, 그 결과, 효소·기질 복합체의 생성이 줄어들어 반응 속도는 급격히 감소한다.

▣ pH

(1) 효소가 촉매하는 화학 반응 속도는 pH의 영향을 받으며, 반응 속도가 최대가 될 때의 pH를 최적 pH라고 한다.

(2) 최적 pH를 벗어난 환경에서는 효소의 주성분인 단백질의 입체 구조가 달라지는 변성이 일어나며, 그 결과 효소·기질 복합체의 생성이 줄어들어 반응 속도는 감소한다.

▣ 기질의 농도

(1) 효소의 농도가 일정할 때 기질의 농도가 증가함에 따라 효소·기질 복합체가 더 많이 생성되므로 반응 속도는 증가한다.

(2) 기질의 농도가 증가함에 따라 반응 속도의 증가는 둔화하며, 기질의 농도가 일정 수준을 넘어서면 모든 효소가 기질과 결합하므로 반응 속도는 일정해진다.

▣ 저해제

(1) 효소와 결합하여 효소가 촉매하는 화학 반응의 속도를 감소시키는 물질을 저해제라고 한다.

(2) 저해제의 종류

– 경쟁적 저해제

기질과 유사한 입체 구조로 되어 있어 효소의 활성 부위를 두고 기질과 경쟁적으로 결합한다.

기질 대신 경쟁적 저해제가 효소의 활성 부위에 결합하면 효소·기질 복합체가 형성되지 못하므로 효소의 작용이 저해된다.

기질의 농도가 증가하면 경쟁적 저해제의 저해 효과는 감소한다.

예) 말론산: 석신산 탈수소 효소의 활성 부위에 석신산 대신에 결합하여 효소의 작용을 경쟁적으로 저해한다.

– 비경쟁적 저해제

효소의 활성 부위가 아닌 다른 부위에 결합하여 효소의 구조를 변형시킴으로써 효소의 작용을 저해한다.

기질이 효소의 활성 부위에 결합한다고 해도 감소한 효소의 활성 때문에 반응 속도는 저해제가 작용하지 않았을 때보다 느리다.

활성 부위를 두고 기질과 경쟁하지 않으므로 기질의 농도가 증가해도 비경쟁적 저해제의 저해 효과는 감소하지 않는다.

예) 히루딘: 거머리에서 분비되는 히루딘은 혈액 응고 과정에 관련된 효소의 작용을 비경쟁적으로 저해한다.

(3) 저해제는 해충을 없애거나, 질병을 치료하는 의약품과 항암제 개발 등 다양한 분야에서 유용하게 쓰이고 있다.

(4) 생명체에서 일부 물질대사 과정에서 생성된 최종 산물이 이 물질대사 과정의 초기 단계를 촉매하는 효소에 비경쟁적 저해제처럼 작용하여 물질대사 과정을 조절한다.

02 효소

Enzyme Inhibitor Discovery by Activity-Based Protein Profiling

https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev-biochem-060713-035708

Mechanistic enzymology in drug discovery: a fresh perspective

https://www.nature.com/articles/nrd.2017.219

A Structure-Based Drug Discovery Paradigm

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6601033/

Computational approaches streamlining drug discovery

https://www.nature.com/articles/s41586-023-05905-z

Small molecules in targeted cancer therapy: advances, challenges, and future perspectives

https://www.nature.com/articles/s41392-021-00572-w

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효소로 이루어진 세상, 신현재 저자(글), 이채 · 2018년 05월 15일

효소, 폴 엥겔 저자(글) · 최가영 번역, 김영사 · 2023년 05월 08일

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최신 생명공학의 이해 4판, William J. Thieman , Michael A.Palladino 저자(글) · 이진성 , 강대경 , 김근성 , 김태형 , 박현정 , 안예진 , 이동환 , 이효정 , 조경주 , 최호윤 , 한인섭 , 황인욱 번역, 바이오사이언스출판 · 2020년 09월 25일

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생명공학의 윤리 3, 리처드 셔록 , 존 모레이 저자(글) · 김동광 번역, 나남 · 2016년 11월 15일

세포막과 효소

단백질 효소 경쟁적 비경쟁적 억제자

생명 공학 기술과 인간 생활

https://simagebank.com/wp/599/