카테고리 보관물: 과학기술정책

형질전환 누에에서 뽑아낸 고강도 및 초강력 거미줄 전체 섬유

High-strength and ultra-tough whole spider silk fibers spun from transgenic silkworms

https://www.cell.com/matter/fulltext/S2590-2385(23)00421-6

하이라이트

  • 소재의 인성과 강도를 좌우하는 기본 요소를 풀어냈습니다.
  • 누에 실크(Fib-H 12 Fib-L 12 P25 2 ) 의 최소 기본 구조 모델이 제안되었습니다.
  • 형질전환 누에를 통해 얻은 최초의 전체 길이 거미 실크 섬유
  • 생체 공학 거미 실크는 고강도(1,299 MPa)와 초강력(319 MJ/m 3 ) 을 결합합니다.

 

진보와 잠재력

초강력과 인성을 갖춘 경량 소재에 대한 수요가 높습니다. 지속 가능한 소재인 거미줄은 이러한 요구 사항을 충족하지만, 방사 메커니즘에 대한 과학적 이해, 공정의 기술적 복잡성, 저비용 대량 생산의 엔지니어링 장애물로 인해 상용화에 어려움을 겪고 있습니다. 여기에서는 나일론과 케블라에서 영감을 얻어 인성과 강도의 본질에 대한 이론을 제안하고 실크 섬유의 기본 구조를 밝힙니다. 이러한 이론을 사용하여 우리는 형질전환 누에를 통해 최초의 “국소화된” 전장 거미줄 섬유를 성공적으로 생산하여 높은 인장 강도(1,299 MPa)와 탁월한 인성(319 MJ/m3)을 보여줍니다 .). 이 획기적인 발전은 과학적, 기술적, 공학적 장애물을 극복하고 합성 섬유의 지속 가능한 대체재로서 거미줄의 상업화를 위한 길을 열었습니다. 또한, 우리의 이론은 슈퍼 소재 개발에 필수적인 지침을 제공합니다.

 

요약

생태 문명을 발전시키기 위해서는 나일론과 같은 지속 가능하지 않은 합성섬유를 대체할 지속 가능하고 환경친화적인 고강도 초강력 대체재를 개발하는 것이 중요합니다. 이를 위해서는 섬유 강도와 인성의 기본 결정 요인에 대한 깊이 있는 과학적 이해가 필요하며 고성능 실크 섬유의 비용 효율적인 대규모 생산을 위한 엔지니어링 과제를 극복해야 합니다. 나일론과 케블라를 포함한 폴리아미드 섬유의 기계적 특성에서 영감을 받아 CRISPR-Cas9 매개 유전자 편집을 사용하여 형질전환 누에에서 전체 폴리아미드 거미 실크 섬유를 성공적으로 합성했습니다. 이 섬유는 인상적인 인장 강도(1,299MPa)와 인성(319MJ/m3)을 나타냈습니다 .), Kevlar의 인성을 6배 능가합니다. 따라서 이는 합성 상업용 섬유에 대한 지속 가능한 대안으로서 유망한 잠재력을 제공합니다. 또한, 우리의 연구는 섬유 인성과 인장 강도의 기본 본질에 대한 귀중한 통찰력을 제공하여 이러한 특성이 모순된다는 기존 개념에 도전합니다. 이러한 발견은 고강도와 초인성을 동시에 갖는 상업용 합성 섬유의 생산을 안내하는 데 중요한 의미를 갖습니다.

 

소개

우수한 도구에 대한 현명한 투자는 시간이 지남에 따라 유익한 수익을 가져오며, 이는 생산성을 높이고 인류 문명의 발전을 촉진하는 데 있어 첨단 소재의 중추적인 역할을 강조합니다. 예를 들어, 나일론, 케블라 등 상업용 합성섬유의 발명과 널리 사용은 현대 문명의 발전에 크게 이바지했습니다. 그러나 나일론을 비롯한 이들 합성섬유는 사용량이 늘어나면서 화석에너지 자원의 고갈과 환경오염으로 인해 지속가능한 발전에 위협이 되면서 양날의 검이 됐다. 따라서 생산성을 저하하지 않으면서 생태 문명을 촉진하기 위해 초고강도와 인성을 갖춘 녹색, 환경친화적, 지속 가능한 대안 개발이 시급합니다. 최근 몇 년 동안 고분자 섬유 과학 및 기술 분야에서 상당한 발전이 이루어졌지만, 진정한 고강도 및 초강력 고급 섬유에 관한 탐구는 여전히 진행 중입니다. 불행하게도 현재 이론에서는 엔지니어링 재료의 인장 강도와 인성의 특성이 상호 배타적이라고 제안합니다. 두 가지 특성 사이에서 상업용 합성섬유의 절충이 발생합니다. 예를 들어, 폴리아미드 섬유인 나일론과 Kevlar와 같은 잘 알려진 섬유는 나일론이 더 높은 인성을 갖지만 Kevlar는 우수한 인장 강도를 나타내는 절충안을 나타냅니다. 따라서 섬유 인성과 강도를 결합하는 근본적인 과학적 과제를 해결하는 것은 고강도 및 초인성에 대한 산업 수요 증가를 충족하는 슈퍼 소재 개발에 매우 ​​중요하며 피할 수 없는 일입니다.

 

결과(원문을 찾아보세요)

https://www.cell.com/matter/fulltext/S2590-2385(23)00421-6#secsectitle0050

섬유 인성과 강도를 결정하는 기본 요소: 나일론과 케블라에서 얻은 통찰

누에 실크의 최소 기본 단위에 대한 구조 모델: Fib-H 12 Fib-L 12 P25 2 (H 12 L 12 P25 2 )

누에에서 CRISPR-Cas9를 매개로 한 전장 거미줄 생산을 통한 INCBED ASM-INCBED 이론 검증

실크 섬유의 응력변형 거동에 대한 선형 적합 분석을 통한 INCBED 예측 검증

강제 감김을 통한 INCBED ASM-INCBED 예측 검증: 실크 섬유의 인성 및 강도 향상

논의

폴리아미드 섬유인 나일론과 케블라 사이의 기계적 성능 차이에서 영감을 얻어 인성과 강도의 기본 특성에 관한 이론(INCBED 이론 및 ASM-INCBED 이론)을 제안했습니다. 이어서, 생물정보학 분석을 통해 실크의 최소 구조 단위(H 12 L 12 P25 2) 의 최신 모델을 소개했습니다.) 누에 내에서 거미줄의 통합을 촉진하는 것을 목표로 하며, 이는 국소화라고 알려진 과정입니다. CRISPR-Cas9 유전자 편집 기술을 활용하여 Fib-H의 중간 반복 영역을 MiSp로 완전히 대체하여 INCBED 이론과 ASM-INCBED 이론을 입증하는 데 성공했습니다. 또한, 우리는 이러한 이론을 기반으로 예상되는 두 가지 현상을 검증하여 타당성에 대한 강력한 증거를 제공했습니다. 결과적으로, 우리는 거미줄 전체를 회전시킬 수 있는 최초의 유전자 변형 누에를 획득함으로써 중요한 이정표에 도달했습니다. 생성된 실크 섬유는 높은 인장 강도(1,299 MPa)와 탁월한 인성(319 MJ/m3)을 포함한 놀라운 특성을 나타냅니다 .). 이 획기적인 성과는 거미줄의 상업화를 방해했던 과학적, 기술적, 공학적 과제를 효과적으로 해결하고, 거미줄을 나일론과 같은 상업적으로 합성된 섬유에 대한 실행 가능한 대안으로 자리매김하고 생태 문명의 발전에 기여합니다.

INCBED 이론과 ASM-INCBED 이론은 이전의 믿음과는 달리 재료의 인성과 강도가 상호 배타적이라는 개념에 도전합니다. 이러한 이론은 재료 과학자에게 슈퍼 재료 개발에 대한 자신감과 이론적 지침을 제공합니다. 고분자 사슬 사이의 수소 결합과 같은 비공유 결합의 밀도를 최적화하고 “분자간 마찰”을 최대화하고 사슬 길이를 늘려 상대적 슬라이딩 거리(파단 변형)를 더 크게 함으로써 인장 강도가 향상된 섬유와 강인함을 얻을 수 있습니다. 이 접근법은 폴리머 사슬 길이와 백본이 견딜 수 있는 최대 분자간 마찰을 최대화함으로써 이러한 재료의 기계적 잠재력을 완전히 활용합니다. 예를 들어, Kevlar 분자 골격의 공유 결합 강도를 더 강한 공유 결합으로 대체하여 강화하면 기존의 높은 분자 간 마찰을 견딜 수 있습니다. 이 재료의 인성은 나일론( 표 S2 )의 인성보다 최대 4.8배에 달하며 이는 380 MJ/m 3 에 해당합니다 . 이는 Caerostris darwini major ampullate 실크를 포함한 대부분의 천연 및 합성 섬유의 인성을 능가합니다.86( 표 S2 ), 초고강도와 초인성의 결합을 성공적으로 달성했습니다. 또한, 방정식 5 는 주목할 가치가 있습니다. 이는 시스템 상수 α가 증가하면 INCBED와 ASM-INCBED 모두 해당 증가로 이어질 수 있음을 나타냅니다. 이러한 동시 강화는 재료의 강도와 인성을 향상하는 데 이바지합니다. 따라서 본 연구의 이론적 틀에 따라 원자 수준 원자 배열의 조작과 시스템 상수 α에 대한 후속 변경은 재료의 기계적 특성을 효과적으로 강화할 수 있는 유망한 방법을 제공합니다. 따라서 본 연구는 나일론과 같은 상업용 합성섬유를 거미줄로 대체하여 생태적 발전을 촉진할 가능성을 제시할 뿐만 아니라 다양한 구조 영역에 걸쳐 고강도, 초강력 소재 개발을 위한 이론적 지침을 제공합니다. 예를 들어,87이는 인간의 생산성을 크게 향상하고 문명의 발전을 촉진할 수 있는 유망한 전망하고 있습니다.

역사적인 파업 이후 UC 대학원생들은 대학이 급여 계약을 준수하지 않는다고 말합니다.

학생, 박사후 연구원, 학술 연구원을 대표하는 노조는 반복적인 계약 위반을 주장합니다.After historic strike, UC grad students say university isn’t honoring pay agreements

https://www.science.org/content/article/after-historic-strike-uc-grad-students-say-university-isn-t-honoring-pay-agreements

작년 말 수천 명의 캘리포니아 대학교(UC) 대학원생, 박사후 연구원, 학술 연구원이 노조와 역사적인 파업 덕분에 새로운 계약을 체결했을 때 예상되는 임금 인상은 축하의 이유였습니다. 많은 사람이 5월부터 수표가 증가하기 시작했습니다. 그러나 다른 사람들은 대학이 동의했다고 주장하는 급여를 받지 못했습니다. 이로 인해 수십 건의 중재 소송이 발생했고, 신진 연구원 3명이 체포되었으며, UC 관계자가 “불공정한 관행”을 주장하며 주 노동위원회에 불만을 제기했습니다. “우리는 다시 예전의 생활임금을 위해 싸워야 했습니다.”라고 박사인 Gwenevere Frank는 말합니다. UC San Diego(UCSD)에서 전기 및 컴퓨터 공학을 공부하는 학생입니다.

이번 논쟁은 낮은 대학원생과 박사후 연구원 급여, 급증하는 노조 결성 노력 등으로 고등교육계의 긴장이 고조되는 가운데 발생했다. 지난주 발표된 보고서에 따르면, 올해에만 미국 기관에서 18개의 학생노동조합이 결성되었는데, 이는 지난 10년 동안 가장 큰 증가 폭이다. 이들 노조 중 다수는 캘리포니아에서 협상된 계약을 해당 기관에서 가능한 일에 대한 지표로 삼았습니다. 심리학 박사인 Jacqueline Perez는 “나머지 고등 교육 기관이 지켜보고 있습니다.”라고 말합니다. UC 로스앤젤레스(UCLA)의 학생과 노동조합 대표.

UC는 48,000명의 근로자를 대표하는 노조가 미국 학계 역사상 최대 규모의 파업을 벌여 주 전역 10개 캠퍼스에서 수업과 연구를 방해한 후 계약에 동의했습니다. 대학원생의 경우 6주간의 시련은 크리스마스 며칠 전에 끝났습니다. 연구 및 조교가 그들에게 더 높은 급여, 수수료 면제 및 기타 혜택을 제공하는 거래를 비준했을 때였습니다. 박사후 연구원과 학술 연구자들은 몇 주 전에 비슷한 거래에 도달했습니다.

이 거래는 역사적인 승리로 환영받았습니다. 그러나 구현 과정은 순탄치 않았습니다. 특히 대학원생 연구원의 급여와 관련하여 더욱 그렇습니다. 물리학 박사인 Samantha Abbott는 “UC는 우리 계약 인상에 중앙 집중식 자금을 지원하지 않기로 했습니다.”라고 말합니다. UC Davis의 학생과 노조 대표. 이는 부서와 연구실 리더들이 예산 책정 방법을 파악하는 데 대부분 스스로 맡겨져 예산 접근 방식과 정책이 엇갈리게 된다는 것을 의미합니다.

현재 학년도에 대해 합의된 월 기본 요율은 주당 20시간 근무를 포함하는 50% 직위의 경우 $2708입니다. (이것은 많은 대학원생 근로자에게 표준 약속이지만 대부분은 그보다 훨씬 더 많은 시간을 일합니다) 그러나 일부 부서에서는 서류상으로 더 적은 시간이 필요한 직위에 학생을 임명하여 그 금액을 지불했습니다. Maya Gosztyla, 생명의학 박사. UCSD의 한 학생은 자신과 다른 부서의 직원이 43%로 임명되었다고 말합니다. 이는 주당 17.2시간 동안 연구를 수행하는 데 급여를 받는다는 의미입니다. Gosztyla는 “분명히 실험실에서는 실제로 그다지 많은 일을 할 수는 없을 것입니다.”라고 말합니다. “저는 단지 더 적은 시간 동안만 급여를 받습니다.”

계약서에는 50%의 임명을 명시적으로 요구하지는 않지만, 학생 연구원이 업무량에 비례하는 금액을 지급해야 한다고 명시되어 있습니다. 대학원 조교를 대표하는 노동조합의 회장인 라파엘 하이메(Rafael Jaime)는 “과거에는 많은 부서에서 임금을 덜 받기 위해 근로자를 임의로 고용하지 않았습니다.”라고 말합니다. “계약의 핵심은 이 문제를 해결하고 사람들이 실제로 공정한 보상을 받도록 하는 것이었습니다.“

UC 대변인은 사이언스(Science)에 보낸 성명에서 임명 비율은 학생이 대학에서 하는 일을 기준으로 학과별로 결정된다고 썼다. “학생은 매일 몇 시간씩 논문 작업을 할 수 있지만, 그 연구 시간 중 어느 것도 반드시 대학을 위한 작업을 수행하는 것은 아닙니다.”라고 그들은 썼습니다. “계약 없음”은 대학원생 연구원을 50%로 임명해야 한다고 규정하고 있다고 덧붙였습니다.

익명을 요구한 사이언스(Science)와의 인터뷰에서 UC 교수진이자 전직 학과장인 한 사람은 “합의서가 실제로 말하는 것과 일부 사람들이 생각하거나 합의에서 말하고자 하는 것 사이에는 약간의 괴리가 있습니다.”라고 말했습니다. 많은 학생은 “50%를 받을 자격이 있다고 고정”되어 있지만, 현실은 “우리가 근본적으로 대학원 프로그램, 즉 교육 프로그램을 수강하고 있으므로 이 모든 숫자와 백분율은 임의적입니다. 노동.”

노조 지도자들은 급여, 직장 내 괴롭힘 정책 및 기타 문제와 관련된 계약 위반으로 간주하는 사항에 대해 이의를 제기하기 위해 개별 대학에 100개 이상의 공식 불만을 제기했습니다. 일부는 노조 지도자들을 만족하게 하는 결과를 가져왔다. 예를 들어, 7월에 UC Berkeley는 대학원생을 임명 수준의 50%까지 끌어올리고, 올해 초에 더 낮은 비율로 급여를 받은 사람들에게 체납금으로 60만 달러를 주기로 합의했습니다. UCLA의 약 1000명의 학생도 자신들이 지급해야 했던 수업료 환급으로 각각 100달러를 받았습니다.

그러나 아직 해결되지 않은 분쟁이 많습니다. 박사후 연구원과 학계 연구자들을 대표하는 노조의 닐 스위니 회장은 수백 명의 박사후 연구원들이 새로운 계약에 따라 지급해야 할 임금 인상을 받지 못했다고 말했습니다. “우리는 모든 캠퍼스에 불만을 제기해야 했습니다.”라고 그는 말합니다. “대학은 사람들에게 정확한 금액을 지급하기 위해 이 문제를 해결하는 데 매우 느렸습니다.” UC는 또한 필수 2년 대신 1년 계약으로 일부 새로운 박사후 연구원을 계속 임명했습니다. 이는 국제 박사후 연구원들에게 특히 문제가 된다고 그는 말합니다. 왜냐하면 이는 그들이 단지 1년 동안 지속되는 비자를 받게 된다는 것을 의미하기 때문입니다. 이를 갱신하려면 국가를 떠나야 하며 관련 여행 비용을 지급해야 합니다.

UCSD에서는 더 큰 법적 분쟁이 벌어지고 있는데, UCSD에서는 두 명의 대학원생과 한 명의 박사후 연구원이 콘크리트 표면에 “Living Wage Now”와 기타 메시지를 쓴 혐의로 중범죄 기물 파손 혐의로 지난 6월 체포되었습니다. 대학 측은 파워 워싱이나 연마 버핑으로도 글씨를 지울 수 없어 12,000달러 이상의 피해가 발생했다고 밝혔습니다. 비슷한 시기에 대학원생 일행은 학생 비행 위반 혐의로 기소되었다는 편지를 받았습니다. UCSD 총장 Pradeep Khosla의 연설이 포함된 동창 행사를 방해하기 위해 무대에 오른 후 폭행을 포함합니다. 대학 측은 코슬라가 무대 위에서 조합원들과 부딪쳤다고 주장하지만, 조합 측은 이 주장에 대해 이의를 제기했다. 그들은 체포와 학생 위법 행위 서신이 “불공정한 관행”에 해당한다고 주장하며 주 노동위원회에 불만을 제기했습니다.

위법 행위 통지를 받은 학생 중 한 명인 Gosztyla는 UCSD가 노조원들에게 겁을 주려고 한다고 믿습니다. “저는 대학이 우리가 가진 힘을 두려워하고 있다고 생각합니다.” 그러나 UC 대변인은 그렇지 않다고 말했다. “UC는 혐의를 부인하는 답변을 제출했습니다.“

doi: 10.1126/science.caredit.adk6956

ABOUT THE AUTHOR

Katie Langin

Author

Katie Langin is the associate editor for Science Careers.

범암 단백질 유전체학은 발암성 요인을 기능적 상태에 연결

Pan-cancer proteogenomics connects oncogenic drivers to functional states

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(23)00780-8

  • 다중 오믹 클러스터는 10가지 암 유형에 걸쳐 공유된 발암성 동인 경로를 밝힙니다.
  • 유전적 변화는 변경된 종양 특이적 단백질-단백질 상호작용과 상관관계가 있습니다
  • cis / trans 효과 및 키나제 활성은 운전자 이질성과 약물 가능성을 보여줍니다.
  • 게놈 드라이버와 단백질체 통합으로 뚜렷한 암 특징 패턴 해결

암 유발 요인은 종양 발생을 유발하는 주요 유전적 이상을 의미합니다. 그러나 정확한 분자 메커니즘은 아직 충분히 이해되지 않았습니다. 여기에서 당사의 다중 오믹스 범암 분석은 중요한 시스 효과와 원위 트랜스를 식별하여 암 유발 요인의 영향에 대한 통찰력을 밝혀냅니다.-RNA, 단백질, 인단백질 수준에서 효과를 정량화합니다. 두드러진 관찰에는 단백질 상호작용 네트워크의 재배선과 점 돌연변이 및 복제 수 변경의 연관성이 포함되며, 특히 대부분의 암 유전자는 서열 기반 키나제 활성 프로파일로 표시되는 유사한 분자 상태로 수렴됩니다. 예측된 신생항원 부담과 측정된 T 세포 침윤 사이의 상관관계는 면역요법에 대한 잠재적인 취약성을 시사합니다. 암 특징의 패턴은 균일한 것부터 이질적인 것까지 다양한 다유전성 단백질의 풍부함에 따라 다릅니다. 전반적으로, 우리의 연구는 개별 암 유형을 연구하는 한계를 뛰어넘어 발암성 요인의 기능적 상태와 암 발병과의 연관성을 이해하는 데 있어 포괄적인 단백질 유전체학의 가치를 보여줍니다.

범암, 발암성 드라이버, 치료 표적, 단백질체학, 단백질 유전체학, 인단백질체학, 단백질 복합체, 암 특징, CPTAC

소개

암은 주로 종양 억제 유전자(TSG)와 원암유전자의 유전적 동인 돌연변이에 의해 시작됩니다. 유전자의 돌연변이 재발을 포함하여 유전자를 암 유발 요인으로 정의하기 위해 여러 측정 기준이 고려됩니다. 기능성 단백질 도메인, 발암성 돌연변이에 대한 개별 아미노산 핫스팟, 해로운 돌연변이의 누적, 또는 단백질 구조의 체세포 돌연변이의 3차원 클러스터링. 이러한 기준을 암 유전체학 데이터의 대규모 집단에 적용하면 최근 몇 년간 암 유전자 목록과 예상되는 동인 돌연변이가 늘어났습니다. 이러한 돌연변이가 어떻게 기계적으로 종양 형성을 “추진”하는지 아직 불완전하게 이해되어 있습니다.

임상 단백질체학 종양 분석 컨소시엄(CPTAC)은 전체 엑솜 및 전체 게놈 시퀀싱, DNA 메틸화, RNA-seq, 포괄적인 단백질체학 및 인단백질체학 등 단백질 유전체학 스펙트럼 전반에 걸쳐 데이터를 통합하여 암의 기본 분자 메커니즘에 대한 이해를 가속했습니다. 현재까지 10가지 암 유형에 걸쳐 1,000건 이상의 사례에 대한 광범위한 데이터가 생성되었습니다. 난소 고급 장액성 암종(HGSC), 투명 세포 신장 세포 암종 (ccRCC), 두경부 편평 세포 암종(HNSCC), 폐 편평 세포 암종 (LSCC), 자궁체내막암종(UCEC), 폐 선암종(LUAD), 췌장관 선암종(PDAC), 교모세포종(GBM), 및 유방암종(BRCA). 다양한 오믹스 층의 변화에 ​​대한 조사를 통해 체세포 동인 돌연변이의 영향을 생물학적 구조와 기능의 단위인 단백질로 추적할 수 있습니다.

범암 연구는 다양한 암의 분자 특성을 정의하는 데 중점을 둡니다. 여기에서 우리는 이전의 유전체학 중심의 범암 연구를 확장합니다. 암 유발 요인의 6가지 중요한 측면을 설명하기 위해 단백질체 층을 통합함으로써: (1) 범암 게놈 및 후생 유전체 요인 빈도, 독점성 및 동시 발생; (2) 드라이버 변경이 RNA, 단백질 및 번역 후 변형(PTM)에 미치는 영향; (3) 단백질 복합체에 대한 운전자 변경의 효과; (4) 발암 경로의 필수 단백질 및 인산화 수준 변화; (5) 실행 가능한 운전자 변경과 종양 미세환경(TME)의 연관성; (6) 암 특징의 렌즈를 통해 단백질 풍부도에 대한 체세포 동인의 결합 효과. 우리의 연구 결과는 특히 명확한 게놈 표적이 없는 경우 발암 동인을 해독하는 데 있어서 통합적 단백질 유전체 분석의 잠재력과 잠재적인 임상적 유용성을 보여줍니다.

 

결과(원문에서 확인 가능함)

  • 운전자 변경 및 관련 다중 오믹 클러스터의 범암 단백질 유전학 환경
  • 단백질 유전체학 분석을 통해 암 돌연변이의 cis 효과의 이질성이 밝혀졌습니다.
  • 단백질 공변량 분석을 통한 변경된 단백질단백질 상호작용의 추론
  • CPTAC 코호트 전체에서 암 유전자의 체세포 돌연변이의 트랜스 효과
  • 종양과 정상 인접 조직 간의 비교 분석을 통해 발암 경로의 주요 단백질 변화를 식별합니다.
  • 면역원성 신생항원 및 약물 사용 가능한 키나제에 대한 체세포 돌연변이의 영향
  • 통합 다중 게놈 채점은 체세포 변화가 암 특징을 어떻게 변경하는지에 대한 증거를 제공합니다.

 

논의

높은 처리량의 게놈 분석을 통해 가속화된 발암성 동인의 발견과 기능적 특성화는 발암에 대한 기계론적 이해를 발전시켜 보다 효과적인 치료법으로 이어졌습니다. 처음에는 표적 치료법이 특정 종양 유형으로 제한되었습니다. 그러나 다양한 암에 걸쳐 공유되고 치료적으로 실행 가능한 동인이 발견되면서 종양 유형에 구애받지 않는 FDA 약물 승인이 이루어졌습니다. 그 후, FDA는 임상적으로 실행 가능한 변종을 밝히기 위해 광범위한 유전자 패널 테스트를 승인했습니다. 특정 변경이 표적 치료법과 일치하는 경우. 이러한 발전은 범암 동인의 분자적 토대에 대한 분석을 촉발했습니다. TCGA 범암 아틀라스 다양한 종양 유형의 분자 게놈 데이터를 통합하여 새로운 통찰력을 제공하기 위한 초기 프레임워크를 나타냅니다. 이는 또한 분자 데이터의 추가 계층에 걸쳐 드라이버 변경의 기능적, 기계적 및 표현형 상관관계의 특성화를 확장해야 할 필요성을 강조했습니다.

여기에서 우리는 게놈 및 전사체 데이터와 통합된 10가지 암 유형의 단백질체학 및 인단백질체 판독 값을 사용하여 CPTAC 코호트 전체에 걸쳐 5,443개의 추정 운전자 변경의 범암 결과를 평가했습니다. 우리의 단백질 유전체학 분석은 개별 단백질부터 암 특징까지 발암성 돌연변이의 분자 메커니즘에 대한 통찰력을 제공하여 잠재적으로 새로운 치료 방법을 밝힙니다. 암 단백질체가 어떻게 형성되는지 정확하게 분석하기 위해 우리는 같은 단백질에 대한 효과(시스 효과 )부터 시작하여 단백질 상호작용 및 복합체로 이동하여 전체 트랜스를 포함한 (포스포-)프로테옴-효과 및 다유전적 예측 프레임워크. 암에서 단백질-단백질 상호작용(PPI)의 재배선을 평가하기 위해, 우리는 PPI의 간접적인 판독으로 proteomic co-expression 데이터를 사용했습니다. 우리는 암 유형이나 운전자 변경에 따라 다른 후보 PPI를 찾았습니다. 흥미롭게도 많은 드라이버가 PIK3R1-PIK3CA, SMAD4-SMAD2 및 PPP2R1A-PPP2R2A를 포함하여 알려진 상호작용 단백질 간의 인터페이스에서 드라이버 변경을 표시하는 것으로 나타났습니다. 중요한 것은 RNA 데이터를 사용한 유사한 분석으로 인해 단백질 수준에서 검출된 PPI 효과의 하위 집합만 산출되었으며, 이는 단백질체학 분석의 중요성을 강조합니다. 네트워크 의학의 새로운 역할을 고려할 때, 우리는 돌연변이를 PPI 네트워크와 간접적으로 연관시키기 위해 범암 단백질체학 데이터를 사용하는 것이 도움이 될 것이라고 믿습니다.

운전자 이벤트의 트랜스 효과를 사용하면 경로의 다양한 암 유전자가 유사한 분자 지문을 표시하는 경향이 있음이 밝혀졌습니다. 이는 NFE2L2 와 KEAP1 , KMT2B 와 CREBBP 와 같이 분자 효과가 유사하다는 것을 의미합니다. 이러한 분자 수렴은 발암성 동인의 상당 부분의 상호 배타성을 설명합니다. 그러나 우리는 분자 지문이 음의 상관관계가 있는 경우도 발견했으며, 이는 종종 EGFR 및 STK11, CDH1 및 TP53 또는 EGFR 및 KRAS 와 같은 상호 배타적인 구동 유전자와 중복됩니다. 한 유전자의 돌연변이가 두 번째 유전자의 돌연변이가 종양 발생과 양립할 수 없는 상태로 세포를 이동시키기 때문에 이러한 유전자 쌍은 상호 배타적이라고 생각할 수 있습니다. 이들 유전자( EGFR 및 STK11 )는 발암적으로 수렴하고 중복되기보다는 다양하게 호환되지 않습니다. 이러한 다양한 비호환성은 폐암의 EGFR 및 KRAS에서 볼 수 있듯이 합성 치명적인 취약성을 나타낼 수 있습니다. 상반되는 유전자를 활성화함으로써 이러한 현상을 이용하는 약물이 고려될 수 있다. 따라서, EGFR 돌연변이 및 STK11 / KRAS 돌연변이 종양이 반대 세트의 키나제를 활성화하는 방법을 보여주는 키나제 라이브러리의 결과는 이러한 약물 표적을 제공할 수 있습니다.

프로테옴에 대한 종양 게놈 변이의 누적 영향을 조사하기 위해 우리는 단백질 풍부도를 예측하도록 훈련된 다유전자 예측 프레임워크인 C3PO를 구축했습니다. 예측 능력은 현재 세포 가소성으로 인해 전 세계 단백질체 환경의 약 27%로 제한되어 있습니다. 및 TME로 인한 전사체 변동. 그런데도, 이 도구를 사용하면 공간과 시간에 걸쳐 종양의 단백질 특징 가변성에 대한 게놈 기여도를 평가할 수 있습니다.

요약하면, 이 연구는 암의 기능적 상태에 대한 발암성 요인의 결과를 체계적으로 평가하기 위해 단백질체학이 제공한 중요한 통찰력을 강조합니다. 앞으로 PTM과 대사체의 광범위한 특성화를 통해 운전자 변경이 E3 유비퀴틴 리가제와 같은 단백질의 활동을 어떻게 교란하는지 추가로 밝힐 수 있습니다. 또한, 단세포 단백질체학(Single-cell proteomics)을 적용하여, 공간 단백질체학, 환자당 다중 종양 내/종양 간 샘플, 종양 이질성 및 TME와의 상호작용에 대한 단백질체 기여가 더 포괄적으로 설명될 수 있습니다. 마지막으로, 치료 전 및 치료 후 샘플에 단백질체학을 결합하는 임상 시험은 치료법에 대한 반응 및 저항성의 결정 요인을 밝혀내고 약물 작용과 더 직접적으로 관련된 수준인 단백질체에서 복합 치료에 대한 정보를 제공할 수 있습니다. 이는 임상적으로 구현 가능한 단백질 유전체 패널로 이어질 수 있습니다. 우리의 연구 결과는 프로테옴이 발암성 동인의 유전자형과 기능적 상태 사이의 빠진 연결고리임을 뒷받침합니다.

 

연구의 한계

범암 단백질 유전체학 연구는 이전에 CPTAC 컨소시엄 주력 연구의 일부로 개별적으로 분석된 10가지 종양 유형으로 구성되었습니다. 이 코호트는 세 가지 여성 특정 암인 BRCA, HGSC 및 UCEC를 포함하여 매우 이질적이지만 가장 흔한 남성 암인 전립선 선암종은 아닙니다. 또한, GBM은 나머지 코호트와 비교해 상대적으로 덜 흔하고 생물학적으로 더 뚜렷한 종양 유형을 나타냅니다. 추가로 계획된 코호트는 코호트 구성의 이러한 한계를 개선할 것입니다. 이 연구에서 종양 중 일부는 암과 밀접하게 관련된 세포 계통으로 구성된 동족 NAT를 가지고 있습니다. 다른 사람들에게는 이것이 불가능했습니다. 약물 민감도에 대한 범암 분석은 세포주기 관련 단백질에 초점을 맞춘 것으로 보이며, 이는 암의 핵심 특징을 치료적으로 표적으로 삼으려는 지역사회의 관심으로 상당한 동기가 부여되었습니다. 종양에서 키나아제의 활성이 증가한다는 사실을 발견하면 잠재적인 약물 표적이 될 수 있지만, 가능한 치료 창을 설정하려면 정상 조직에서 해당 키나아제의 필수성에 대한 신중한 고려가 필요합니다. 그런데도, 다른 특징 표현형에 대한 범암 단백질체 판독은 아직 치료학적으로 유익할 수 있으며 향후 연구에서 심층적인 평가가 필요할 것입니다.

08 유전 정보와 염색체

09 사람의 유전

10 사람의 유전병

06 유전 물질

07 유전자 발현

08 유전자 발현의 조절

12 생명 공학 기술과 인간 생활

 

현재 티베트에서 기후 변화에 직면한 수수께끼의 Takakia 의 적응 진화

Adaptive evolution of the enigmatic Takakia now facing climate change in Tibet

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(23)00736-5?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867423007365%3Fshowall%3Dtrue

현재 티베트에서 기후 변화에 직면한 수수께끼의 Takakia 의 적응 진화

 

하이라이트

고도 4km에서 가장 가파른 온도 상승으로 고도로 적응한 이끼 종 위협

양성 선택에서 빠르게 진화하는 유전자 수가 가장 많은 시퀀싱된 게놈

심각한 UV-B 복사 및 결빙에 대한 적응은 높은 고도에서 진화했을 가능성이 있습니다.

타카키아 식물의 형태학적 특성은 1억 6500만년 이전에 진화했을 가능성이 있습니다.

 

요약

가장 극단적인 환경은 급변하는 기후 하에서 변화에 가장 취약합니다. 이 생태계는 가장 전문화된 종의 일부를 품고 있으며 가장 높은 멸종률을 겪을 가능성이 큽니다. 우리는 4,000m 이상의 고도에서 기록상 가장 가파른 온도 증가(2010-2021)를 기록하여 남아 있고 고도로 적응한 이끼 Takakia lepidozioides 의 감소를 촉발했습니다. 그것의 de-novo- 27,467개의 단백질 코딩 유전자가 있는 시퀀싱된 게놈은 비생물적 스트레스에 대한 뚜렷한 적응을 포함하고 양성 선택에서 가장 많은 수의 빠르게 진화하는 유전자를 포함합니다. 지난 6,500만 년 동안 연구 지역의 상승으로 인해 생명을 위협하는 UV-B 방사와 급격한 온도 감소가 발생했으며, 우리는 이러한 환경 변화에 대한 Takakia의 몇 가지 분자적 적응을 감지했습니다. 놀랍게도 특정 형태학적 특징은 훨씬 더 따뜻한 환경에서 1억 6500만 년 이전에 발생했을 가능성이 큽니다. 거의 4억 년의 진화와 탄력성을 거쳐 이 종은 현재 멸종 위기에 처해 있습니다.

 

NEWS 09 August 2023

This moss survived 165 million years ? and now it’s under threat from climate change

Ancient plant survived the formation of the Himalayas, but might now be facing extinction.

https://www.nature.com/articles/d41586-023-02514-8

탐나는 임팩트 팩터가 제거된 빠르게 성장하는 오픈 액세스 저널

Web of Science는 세계에서 가장 큰 저널 중 하나를 포함하여 약 50개의 저널을 삭제합니다.
가장 빠르게 성장하는 오픈 액세스 출판사 두 곳의 거의 24개 저널(볼륨 기준으로 세계에서 가장 큰 저널 중 하나 포함)은 더 이상 주요 학술 승인을 받지 못할 것입니다. 3월 20일, Web of Science 데이터베이스는 수십 개의 다른 저널과 함께 저널을 삭제했으며, 논쟁의 여지가 있지만 저자와 기관에 무게를 두는 인용 기반 품질 척도인 임팩트 팩터를 제거했다고 밝혔습니다. 이 움직임은 표면적으로는 참신함보다는 과학적 건전성을 위해 선택된 많은 양의 기사로 표시되는 비즈니스 모델에 대한 지속적인 논쟁과 게스트 편집 특별 호를 위해 많은 수의 기사를 모집하는 일부 오픈 액세스 출판사의 관행을 강조합니다.

분석 회사인 Clarivate에서 운영하는 Web of Science 마스터 저널 목록은 효과적인 동료 검토 및 윤리적 출판 관행 준수를 포함하여 24가지 품질 측정을 기반으로 저널을 나열하고 나열된 저널이 표준을 충족하는지 정기적으로 확인합니다. 클래리베이트는 목록에 있는 일부 저널의 임팩트 팩터를 계산합니다. Web of Science의 편집장인 Nandita Quaderi는 “학문 기록의 무결성에 대한 위협이 증가하고 있기 때문에” 회사가 올해 품질 검사를 확대했다고 말했습니다. 클래리베이트는 50개 저널을 목록에서 삭제했는데, 이는 1년 동안 이례적으로 많은 수였다.

“내 기대는 이 초기 상장 폐지가 빙산의 일각일 뿐이라는 것입니다.
Web of Science 임팩트 팩터(2년 동안 논문당 평균 인용 횟수)를 잃은 저널은 저자에게 좋지 않은 소식입니다. 영향을 미친다는 비판에도 불구하고 이 지표는 고용, 임기, 승진 결정에서 품질의 대용으로 널리 사용되기 때문입니다. 요인은 방법론적으로 결함이 있습니다. 영향을 받는 저널은 또한 미래의 저자를 유치하는 데 어려움을 겪을 것입니다.

클래리베이트는 처음에 삭제된 저널의 이름을 지정하거나 구체적인 이유를 밝히지 않았습니다. 그러나 19개의 Hindawi 저널과 2개의 MDPI 제목 제거에 대한 보고서가 유포된 후 Science 에 확인했습니다 . MDPI 저널에는 작년에 약 17,000개의 기사를 발표한 International Journal of Environmental Research and Public Health가 포함됩니다. 2022년에는 Web of Science 저널 임팩트 팩터 4.614로 공중 보건 분야의 모든 저널 중 상위 절반을 차지했습니다.

성명서에서 MDPI는 Clarivate가 Web of Science의 “콘텐츠 관련성” 기준에 따라 MDPI 저널을 제거했다고 밝혔습니다. 많은 수의 특집을 발행하는 MDPI의 관행이 우려의 핵심일 가능성이 높다고 외부인들은 말합니다. “[Clarivate의] 발표는 성장 모델로 특별 이슈를 사용하기 위한 최고 수준에 접근하고 있음을 시사합니다.”라고 Johnson은 말합니다.
MDPI가 2010년에 설립된 이래로 MDPI의 급격한 성장의 대부분은 특집 기사가 차지합니다. 이전에 Multi-disciplinary Digital Publishing Institute라고 불렸던 이 기관은 이후 최대 오픈 액세스 논문 출판사이자 네 번째로 큰 학술 출판사가 되었습니다. 전체적으로 약 400개의 저널을 생산합니다. 오픈 액세스 논문의 발행인은 일반적으로 저자에게 수수료를 부과하고 출판 즉시 무료로 읽을 수 있도록 합니다. 프랑스 국립 농업, 식품 및 환경 연구소의 경제학자 Paolo Crosetto와 Pablo Gómez의 미발표 분석에 따르면 2022년 임팩트 팩터가 있는 거의 100개의 MDPI 저널이 187,000개의 기사를 포함하는 17,000개 이상의 특별 호를 발행했습니다. 큐 왕립 식물원의 Barreiro. (그들의 분석은 2021 버전을 확장합니다..) 일부 MDPI 타이틀은 하루에 4개의 특별 호를 발행했습니다.

회의론자들은 이 관행이 전문성이 부족하거나 이해 상충이 있거나 제지 공장에서 생산된 조작된 원고를 받아들이는 객원 편집자의 조작에 특히 취약하다고 우려합니다. Crosetto는 “그들이 잘못했다는 증거가 없습니다. “하지만 이 게스트 편집을 누구에게나 맡기면 [제품 품질에 대한] 신뢰가 어렵다는 것은 당연합니다.”
예를 들어 Trás-os-Montes 대학의 Carlos Peixeira Marques와 Alto Douro는 MDPI가 농업, 동물 과학 및 공학 분야의 객원 편집자로 일하기 위해 여러 차례 초대장을 보냈지만 비즈니스 및 관광 분야에서는 한 번도 보내지 않았다고 말했습니다. . “[MDPI] 특별 문제의 절대적으로 미친 숫자로 인해 최소한의 피어 리뷰 기준을 보장하는 것이 불가능해졌습니다.”라고 그는 말합니다.

Crosetto는 MDPI의 특별호 원고를 검토하고 출판하는 속도도 문제라고 말합니다. 2022년 MDPI의 제출에서 승인까지 평균 시간은 37일로, 그가 비교를 위해 검토한 또 다른 대규모 오픈 액세스 출판사인 PLOS 저널 계열의 200일보다 훨씬 낮습니다. 약 3개의 논문 중 1개는 MDPI의 처리 기간이 1개월 이하였습니다. 리뷰어를 모집하고 원고를 수정하는 데 걸리는 시간을 고려할 때 “이것은 불가능해 보입니다.”라고 그는 말합니다.
논평을 위해 MDPI에 도달하려는 Science 의 시도는 실패했습니다. 그러나 과거 성명에서 회사와 지지자들은 적절하게 수행된 빠른 동료 검토를 통해 저자가 기존 저널을 통해보다 더 빨리 동료와 결과를 공유할 수 있다고 말했습니다. 객원 편집자로 일하면 후배 연구원들이 편집 기술을 개발하고 동료들과 네트워크를 형성하는 데 도움이 될 수 있습니다. 그리고 이 회사는 부정적인 결과가 있는 논문을 포함하여 보다 선별적인 저널에서 거부될 수 있는 기술적으로 건전한 논문을 위한 배출구를 제공한다고 말합니다.

특수한 문제도 Hindawi에게 문제가 되었습니다. 소유주인 학술 출판사 Wiley는 3월 9일 “손상된 기사”를 식별한 후 2022년 10월 중순부터 1월 중순까지 Hindawi 저널의 특집 게재를 중단한다고 발표했습니다. Wiley의 수석 부사장인 Jay Flynn은 특별호가 제지 공장과 콘텐츠를 조작하는 “나쁜 행위자”의 표적이 되었다고 말합니다.

이에 대해 Wiley는 직원을 추가하고 편집 제어를 강화하여 AI 기반 심사와 수동 검사를 결합했다고 그는 말했습니다. 이로 인해 Hindawi 저널에서 500건의 철회가 발생했으며 앞으로 약 1200건이 추가될 것으로 예상됩니다. Hindawi는 1월로 끝나는 분기의 특별 이슈 중단으로 인해 900만 달러의 매출 손실을 보고했습니다. 클래리베이트가 삭제한 힌다위 저널 19개는 웹 오브 사이언스에 등재된 저널의 약 1/3을 차지합니다.
저자가 게시하기 위해 비용을 지불하는 기사의 수를 늘리는 게시자는 MDPI만이 아닙니다. 2022년에는 55개의 오픈 액세스 생물의학 저널이 각각 2000개 이상의 전체 기사를 실었으며, 이는 2015년 11개에서 증가한 것입니다. 논평 에 따르면 2022년 이러한 “메가저널”의 300,000개 기사는 그해 해당 분야의 모든 문헌의 4분의 1이었습니다. Stanford University의 John Ioannidis와 동료들이 3월 20일 JAMA 에 발표했습니다 .

“메가저널은 이미 제대로 작동하지 않는 과학적 평가 및 출판 시스템을 영속시키고 강조할 수 있습니다.”라고 그들은 썼습니다. 출판에 따른 비용 지불 모델은 출판에 대한 기관의 할당량을 충족하려는 저자에게 인센티브를 제공하며 “메가저널은 기존 저널에서 이미 긴장된 리뷰어 풀을 고갈시킬 수 있습니다.” Ioannidis는 메가저널과 기존 저널의 피어 리뷰 품질을 비교하는 더 많은 연구가 필요하며 기관과 기금 제공자는 투명하고 엄격한 연구에 대해 연구자에게 보상할 것을 제안합니다.

Correction, 29 March, 1:35 p.m.: This article has been revised to indicate that MDPI, not Clarivate, stated that Clarivate delisted two MDPI journals based on Web of Science’s “content relevance” criterion.
doi: 10.1126/science.adi0098

Fast-growing open-access journals stripped of coveted impact factors

https://www.science.org/content/article/fast-growing-open-access-journals-stripped-coveted-impact-factors